وافق النائب العام على الإفراج عن الرئيس الأسبق حسني مبارك، بعد ما يقرب من 6 سنوات من محاكمته في عدة قضايا، من بينها قتل المتظاهرين إبان ثورة يناير، ليعود إلى منزله في مصر الجديدة.
وبعد شهر من الإطاحة به، وتحديدا في مارس 2011، أجرت النيابة العامة تحقيقا معه بتهمة قتل المتظاهرين إبان أحداث ثورة 25 يناير، بالاشتراك مع اللواء حبيب العادلي، وزير الداخلية الأسبق، و6 من مساعديه، وفي 23 مايو من نفس العام، أحالته النيابة إلى المحاكمة.
ومن بين الاتهامات الأخرى، الاشتراك مع نجليه «جمال وعلاء»، ورجل الأعمال حسين سالم في قضايا فساد وإهدار الأموال، كما أسندت النيابة لمبارك الاشتراك مع سامح فهمي وزير البترول الأسبق وبعض قيادات الوزارة في تربح حسين سالم مبلغ 2 مليار جنيه دون وجه حق.
وفي الثالث من أغسطس عام 2011، مَثل مبارك لأول مرة في العالم العربي في قفص الاتهام، بجانب نجليه علاء وجمال، ووزير داخليته، و6 من مساعديه، وأجلّ المستشار أحمد رفعت القضية إلى 15 أغسطس.
واستمرّت محاكمة الرئيس الأسبق حتى يونيو 2012، حينما قضت محكمة جنايات القاهرة برئاسة المستشار أحمد رفعت، بالسجن المؤبد لمبارك، وحبيب العادلي، والبراءة لمساعديه، وانقضاء الدعوى الجنائية ضد كل من جمال مبارك، وعلاء مبارك، وحسين سالم في تهم التربح والاستيلاء على المال العام لانقضاء الأمد القانوني.
وفي يناير عام 2013، قبلت محكمة النقص الطعن المقدم من فريد الديب، محامي مبارك، في قضية قتل المتظاهرين، وألغت حكم السجن المؤبد بحق الرئيس الأسبق ووزير داخليته، بجانب قبول طعن النيابة العامة على براءة مساعدي العادلي ونجلي مبارك في تهم التربح من المال العام، وقررت إعادة محاكمتهم أمام دائرة أخرى.
وفي نوفمبر 2014، قضت محكمة جنايات القاهرة «ثاني درجة» بعدم جواز نظر الدعوى بمقاضاة مبارك في اتهامه بقتل المتظاهرين لصدور أمر ضمني بألا وجه لإقامة الدعوى الجنائية بحقه، وبراءة حبيب العادلي ومساعديه، وبراءة حسين سالم في قضية تصدير الغاز لإسرائيل.
وفي العام التالي، وتحديدا في يونيو 2015، ألفت محكمة النقض حكم محكمة الجنايات ببراءة مبارك من تهمة الاشتراك في القتل العمد لمتظاهري ثورة يناير، قبل أن تقضي ببراءته في 2 مارس 2017.
من بين القضايا الأخرى التي جرى محاكمة مبارك فيها القضية المعروفة إعلاميا بـ«القصور الرئاسية»، والمتهم فيها مع نجليه بإنشاء مبان وشراء أثاث خاص بهما وسداد ثمنه المقدر بأكثر من 125 مليون جنيه من موازنة الدولة المخصصة للإنفاق على قصور الرئاسة، وذلك خلال الفترة بين عامي 2002 و2011.
وصدر حكم ضد مبارك ونجليه بالحبس المشدد 3 سنوات، وأيّدته محكمة النقض، ليفرج عن نجلاه بسبب انقضاء مدة الحبس، ثم خرج مبارك اليوم بعد انقضاء مدة حبسه في نفس القضية وحصوله على البراءة في قضية قتل المتظاهرين وقضية الكسب غير المشروع، والتصالح في قضية هدايا الأهرام، بعدما سدّد 20 مليون جنيه.
وخلال فترة محاكمته في قضايا عدة، تنقل مبارك ما بين سجن طرة ومستشفى المعادي العسكري، طلّ أثناء 6 سنوات أكثر من مرة بحديث حول حكمه، والمشهد السياسي في مصر، من بينها مداخلة مع الإعلامي أحمد موسى، في ذكرى تحرير سيناء، ومرة أخرى في حديث صحفي مع الكاتبة الكويتية فجر السعيد.