في 12 أغسطس 2012، صدر قرار من رئيس الجمهورية آنذاك، محمد مرسي، بترقية عبدالفتاح السيسي، مدير المخابرات الحربية، من رتبة لواء إلى رتبة فريق أول، وتعيينه وزيرًا للدفاع، خلفًا للمشير محمد حسين طنطاوي، وزير الدفاع الأسبق.
كان السيسي وجهًا جديدًا على جموع المصريين، إلا أنه كان مألوفًا للقوى السياسية وعدد من الإعلاميين، بسبب اللقاءات التي عقدها المجلس العسكري معهم عقب الإطاحة بالرئيس الأسبق، محمد حسني مبارك.
وبينما كانت القوى المدنية متخوفة من الإطاحة بـ«طنطاوي» وتعيين السيسي، رحب حزب الحرية والعدالة، الذراع السياسية لجماعة الإخوان، بالسيسي، وأعدت بوابة الحزب الإلكترونية تقريرًا كاملًا عن شخصه، تحت عنوان «عبدالفتاح السيسي.. وزير دفاع بنكهة الثورة»، ما أثار بعض الريبة لدى القوى الليبرالية واليسارية حول انتماءه للجماعة، فيما قال آخرون إنه «رجل ملتزم وزوجته منتقبة ويقيم الليل».
وأبرز تقرير «الحرية والعدالة»، تصريحات السيسي عقب ثورة 25 يناير، حينما كان مديرًا للمخابرات الحربية، منها تصريحه حول ضرورة الحاجة إلى تغيير ثقافة الأمن، وعدم استخدام العنف ضد المتظاهرين، وأوضح التقرير أن السيسي كانت له مواقف مختلفة عن باقي أعضاء المجلس العسكري.
قبل مرور عام على تعيين السيسي وزيرًا للدفاع تحوّل في عيون الإخوان من «رجل متين، ووزير بنكهة الثورة» إلى «شخص انقلابي وقاتل»، بعدما أعلن عزل مرسي، 3 يوليو 2013، عقب احتجاجات ومظاهرات في الميادين شارك فيها ملايين المصريين طالبوا بإسقاط الجماعة.
وأصبح السيسي بعد فوزه بمنصب الرئيس عقب انتخابات نافسه فيها حمدين صباحي، مؤسس التيار الشعبي، «العدو الأول» لجماعة الإخوان، التي رأت أنه كان سببًا في القضاء على «حلم الخلافة»، بينما السيسي الذي يقبع على قمة السلطة متمتعًا بشعبية كبيرة، يرفض دمج الجماعة في الحياة السياسية مرة أخرى، بسبب «أعمال العنف التي ترتكبها في حق الوطن، ومحاولاتها هدم الدولة المصرية».