تبدأ أحداث مسلسل أستاذ ورئيس قسم بمشهد اعتداء على عادل إمام من قبل مجهولين في ثلاث سيارات دفع رباعي، الأمر الذي ينتهي به إلى الإقامة في المستشفى بعد الإقامة في غرفة العناية المركزة بضعة أيام.
فيما يستقبل سائق تاكسي، حاصل على ماجستير في الكيمياء، خريجًا من صعيد مصر، حاصل على ماجستير أيضا، بجانب أنه الأول على دفعته وينتظر قرار تعيينه في جامعة القاهرة، والذي سيعرف لاحقا أن القرار لم يصبه، في إشارة إلى عدم المساواة والعدالة في الحقبة الزمنية التي عرضها المسلسل قبل بدء الحلقة الأولى وهي ديسمبر 2010، أي قبيل ثورة 25 يناير.
وتجتمع إدارة الجامعة لبحث انتشار منشورات بين الطلبة تطالب باستقالة رئيس الجامعة ويبرز دور قائد الحرس الجامعي وتنوع اتجاهات أساتذة الجامعات، كما بينها المشهد في أولى حلقات المسلسل، ومنهم من يتعرض للدكتور فوزي جمعة اليساري، الذي يجسد دوره عادل إمام، ويتهمه بأنه وراء تلك المنشورات والاتجاهات داخل الجامعة.
ويظهر علي ربيع مجسدًا دور طالب في الجامعة في مشهد وهو يقوم بتقليد الرئيس الأسبق مبارك، والحالي بزمن المسلسل.
ويجسد عادل إمام في المسلسل شخصية أستاذ جامعى يساري الفكر يعمل في كلية الزراعة، وثائر على الأوضاع السياسية قبل ثورة 25 يناير 2011.
مشكلة زواجه الرئيسية هي عدم إنجابه، يخوض أحداث ثورة 25 يناير ويتزامن ذلك مع انفصاله عن زوجته بسبب عدم الإنجاب وخوضه تجربة تولي منصب حكومي كبير في الفترة التي تلت ثورة 25 يناير، وخوضه صراعات شخصية تتزامن مع مفاجآت شخصية جديدة وصادمة تظهر في حياته.