بخاري واحدة من أقدم المدن في آسيا الوسطى، وكانت في ١٩٩٧ قد احتفلت بمناسبة مرور ٢٥٠٠ سنة على إنشائها.
وتعود نشأتها إلى ما قبل الميلاد، فقد وجدت في عهد الدولة الأَكْمِينِيَّة الإيرانية «٣٣٠- ٥٥٣ ق م»، ثم استولى عليها الإسكندر الأكبر، ثم بعد ذلك صارت بخارى تابعة لدولة الباختريين، ثم حكمها الأتراك بعد القرن السادس الميلادى.
وقد فتحت في عهد الخليفة الأموى الوليد بن عبدالملك عندما أمر الحجاج بن يوسف الثقفى القائد قتيبة بن مسلم الباهلى بفتح بلاد ما وراء النهر، فسار إليها وتمكن من فتحها سنة ٧٠٩، وعمل على توطيد أقدام المسلمين بها، وبنى بها مسجدا ودعا أهلها إلى الإسلام.
ومنذ ذلك الحين أصبحت بخارى تابعة للخلافة الإسلامية إلى أن سقطت في قبضة المغول بقيادة جنكيز خان «زي النهارده» في ١٠ مارس ١٢٢٠، وخربها وهدم كثيرا من صروحها الحضارية، وأحرق مكتبتها، ثم استولى عليها تيمورلنك عام ١٣٨٣ حتى أعاد حكام الأوزبك بناءها وجعلوها عاصمة لدولتهم عام ١٥٠٥، ثم صارت تحت حكم الخانات حتى استولى عليها الروس عام ١٩١٨.
ومع قيام النظام الشيوعى عام ١٩٢٣صارت ضمن جمهوريات الاتحاد السوفيتى حتى انهياره عام ١٩٩١، فصارت إحدى مدن أوزبكستان المستقلة ومن أبناء بخارى الإمام البخارى والزمخشرى وابن سينا، أما جنكيز خان فهو مؤسس إمبراطورية المغول، والذى غزا الصين، وروسيا وبلاد فارس والمنطقة العربية وشرق أوروبا وكان من أقسى الغزاة وأشدهم بطشا، واشتهر بحرق المدن ويعتبر في بلده رمزا وطنيا وأسطورة تناهز سير العظماء في الأمم الأخرى كالإسكندر المقدونى ونبوخذ نصر وحمورابى.