تجري هيئة الرقابة الإدارية وجهات رقابية أخرى تحقيقات موسعة حول تورط مركز بحوث الصحراء في مخالفات تعيين عدد من أبناء أساتذة بالمركز بدون وجه حق، ودون اتخاذ الإجراءات القانونية في التعيين بالوظائف البحثية بالمركز.
وتضمنت المخالفات عدم تثبيت العمالة المؤقتة في المركز في مقابل تعيين أبناء الأساتذة دون الإعلان عن الوظائف الخالية بالمركز عبر الصحف ووسائل الإعلام المعتمدة قانونا.