أمر المستشار هشام بركات، النائب العام، بإحالة المتهمين في أحداث بين السرايات إلى محكمة الجنايات، وهم محمد بديع، المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين، ونائبه خيرت الشاطر، والقيادي بجماعة الإخوان محمد البلتاجي، وحازم أبو إسماعيل، مؤسس حزب الراية الإسلامي، وحلمي الجزار، القيادي بحزب الحرية والعدالة، وعبد المنعم عبد المقصود، محامي جماعة الإخوان، ومحمد العمدة، النائب البرلماني السابق، وأبو العلا ماضي، رئيس حزب الوسط.
وأسندت النيابة للمتهمين تهم: «القتل والشروع فيه، وتأليف عصابة إرهابية تهدف إلى نشر الفزع بين المواطنين، وتكدير الأمن والسلم العام، وإرهاب المواطنين باستخدام القوة ضدهم، وإذاعة خطابات تحريضية من شأنها إثارة الفتن».
وكشفت تحريات الأمن الوطني عن رصد لقاءات مع قيادات الإخوان ومكتب الإرشاد، كانوا يحثون فيها على الحشد ومواجهة المعارضين لحكم الرئيس المعزول، وإلقاء خطابات تحريضية على القتل باسم الدفاع عن الشرعية وتقديم مليون شهيد.