أكدت الكنائس المصرية الثلاث رفضها بعض مواد الإعلان الدستوري، واعترضت على إلغاء المادة الثالثة من الدستور السابق الذي خصص لجوء غير المسلمين إلى شرائعهم السماوية في أحوالهم الشخصية واختيار القادة الدينيين.
وأكدت الكنيسة الأرثوذكسية أن الدستور يحتاج لدراسة متأنية، وقال الأنبا بولا، أسقف طنطا، ممثل الكنيسة القبطية الأرثوذكسية في الجمعية التأسيسية للدستور المعطل أن الإعلان الدستوري، الذي صدر مساء الإثنين، يحتاج لدراسة متأنية متعقلة من الكنيسة ولا ينبغي التسرع في الرد.
وقال الدكتور القس صفوت البياضي إن الإعلان الدستوري حالة مؤقتة وجاء خاليا من المواد التي توافقنا عليها ولا أجد سببا لحذف المادة الثالثة وجمع المادة الأولى مع المادة 219.