صار الأمين باي وليًا للعهد في تونس في بداية فترة حكم المنصف باي خلال الحرب العالمية الثانية، وكان قد تم احتلال تونس من قبل قوات المحور، واتخذ المنصف باي مواقف سياسية تعيد الاعتبار للسلطة التونسية وللمصالحة بين القصر والشارع، فحرصت السلطات الفرنسية على إزاحته، وتم الاتصال بولي عهده محمد الأمين لخلافته «زي النهاردة» في ٥ مايو ١٩٤٣.
واعتلى الأمين عرش تونس في الخامس عشر من نفس الشهر، ونتيجة ذلك اعتبر حكمه فاقدا للشرعية، وقد قضى السنوات الأولى من حكمه مرفوضا من الحركة الوطنية، كما اقتصر دوره على التوقيع على الأوامر التي تعرض عليه من سلطات الحماية، وكانت قد تشكلت في عهده سبع وزارات، كان آخرها وزارة الحبيب بورقيبة من ٩ إبريل ١٩٥٦ إلى ٢٥ يوليو ١٩٥٧، والتي جاءت على يدها نهاية العهد الملكي في تونس.
وبعد وفاة فرحات حشاد، أمين عام الاتحاد العام التونسى للشغل، والذي كان أقرب الزعماء إلى القصر الملكي، دخل صالح بن يوسف، الأمين العام للحزب الحر الدستوري الجديد، في صراع مفتوح مع الحبيب بورقيبة، فانتهى الأمر بإزاحة بن يوسف، ثم حصلت البلاد على استقلالها في ٢٠ مارس ١٩٥٦، وفي أغسطس ١٩٥٦ كان بورقيبة قد أجبر الباي على التخلى عن بعض أملاكه للدولة، ثم اتخذ المجلس القومي التأسيسي قرارًا بإلغاء النظام الملكي وإعلان النظام الجمهوري في ٢٥ يوليو ١٩٥٧، ووضع الأمين باي وعائلته رهن الإقامة الجبرية، ثم أخلى سبيله في أكتوبر ١٩٦٠ لينتقل للعيش في شقة بحى لافيات حتى يوم وفاته في ٣٠ سبتمبر ١٩٦٢.