صارالأمين باى وليا للعهد في تونس في بداية فترة حكم المنصف باى خلال الحرب العالمية الثانية، وكان قد تم احتلال تونس من قبل قوات المحور، واتخذ المنصف باى مواقف سياسية تعيد الاعتبار للسلطة التونسية وللمصالحة بين القصر والشارع، فحرصت السلطات الفرنسية على إزاحته، وتم الاتصال بولى عهده محمد الأمين لخلافته «زي النهارده» فى ٥ مايو ١٩٤٣.
واعتلى الأمين عرش تونس في الخامس عشر من نفس الشهر، ونتيجة ذلك اعتبر حكمه فاقدا للشرعية، وقد قضى السنوات الأولى من حكمه مرفوضا من الحركة الوطنية، كما اقتصر دوره على التوقيع على الأوامر التى تعرض عليه من سلطات الحماية، وكانت قد تشكلت في عهده سبع وزارات، كان آخرها وزارة الحبيب بورقيبة من ٩ إبريل ١٩٥٦ إلى ٢٥ يوليو ١٩٥٧، والتى جاءت على يدها نهاية العهد الملكى في تونس وبعد وفاة فرحات حشاد أمين عام الاتحاد العام التونسى للشغل، والذى كان أقرب الزعماء إلى القصر الملكى دخل صالح بن يوسف، الأمين العام للحزب الحر الدستورى الجديد، في صراع مفتوح مع الحبيب بورقيبة، فانتهى الأمر بإزاحة بن يوسف، ثم حصلت البلاد على استقلالها في ٢٠ مارس ١٩٥٦، وفى أغسطس ١٩٥٦ كان بورقيبة قد أجبر الباى على التخلى عن بعض أملاكه للدولة، ثم اتخذ المجلس القومى التأسيسى قرارا بإلغاء النظام الملكى وإعلان النظام الجمهورى في ٢٥ يوليو ١٩٥٧، ووضع الأمين باى وعائلته رهن الإقامة الجبرية، ثم أخلى سبيله في أكتوبر ١٩٦٠ لينتقل للعيش في شقة بحى لافيات حتى يوم وفاته في ٣٠ سبتمبر ١٩٦٢.