في الثامن عشر من ذي الحجة سنة ٣٥ هجرية قتل أمير المؤمنين عثمان بن عفان رضي الله عنه، بعد حصار لبيته دام أربعين يوماً من قبل ستمائة مقاتل وفدوا من مصر بعد أمور وقعت بينهم وبين الخليفة، فضلاً عن جماعات أخرى وفدت من البصرة أجمعت على خلع عثمان بن عفان.
وكان يتزعم هؤلاء الثائرين محمد بن أبي بكر الصديق، والمدهش أن بعض الصحابة وقفوا من هذا الحصار موقفاً سلبياً، وإن كانوا أرسلوا أولادهم ليحولوا دون دخول الثائرين بيت عثمان، غير أن أولئك الثائرين تخوفوا من قدوم جيش معاوية من الشام فيقوضهم، فحسموا موقفهم وقفزوا من أسوار بيوت مجاورة لبيت عثمان وقتلوه، وكان مقتله إيذاناً بدخول الأمة الإسلامية ملحمة دموية ما بين أبناء العقيدة الواحدة.
وجاءت خلافة على بن أبي طالب الذي بايعه الثائرون، ولكنه رفض مبايعتهم له على أساس أن ذلك ليس لهم، وإنما للصحابة ممن حضروا «بدراً»، واعتكف بداره، فدخلوا عليه بطلحة والزبير، فاستجاب وكان أول ما فعله أن عزل جميع ولاة عثمان، ورفض معاوية أن يتم عزله، وأعلن عن المطالبة بدم عثمان ودخلت الأمة الإسلامية المعترك الدموي.
وكان ممن عزلهم على «قيس بن سعد بن عبادة» عن ولاية مصر، كان ذلك سنة ٣٧ هجرية و٦٥٧ ميلادية، وولي بدلاً منه «زي النهارده» في ١٩ فبراير ٦٥٧ محمد بن أبي بكر الصديق.
ويذكر أن أهالي الدقهلية يحتفلون بمولد ابن أبي بكر الصديق في 5 ذي الحجة من كل عام حيث يوجد قبره في قرية ميت دمسيس التابعة لمركز أجا بمحافظة الدقهلية، ومما يذكر أن على بن أبي طالب قد استبدل ولاية محمد بن أبي بكر الصديق على مصر بالأشتر النخعي عقب فراغه من موقعة صفين.