تواصلت ردود الأفعال الغاضبة في أوساط الأزهر الشريف، والكنائس المصرية، بسبب التقرير الأمريكي، الذي ادعى عدم وجود حريات دينية فى مصر، وقال محمد الشحات الجندي، الأمين العام للمجلس الأعلى للشؤون الإسلامية، لـ«المصري اليوم»، إن التقرير الصادر عن الخارجية الأمريكية يركز على الطوائف الدينية في مصر بشكل يوحي بأنه جاء ليفرق، وليس لمجرد رصد حالة هذه الطوائف، معتبراً التقرير «تدخلاً في الشأن الداخلي» بسبب صدوره عن دولة وليس منظمة دولية، مشيراً إلى أن التقرير يتعامل مع كل طائفة على حدة، ولا يتعامل مع مصر كنسيج واحد.
ووصف محمد رفاعة الطهطاوي، المتحدث الرسمي باسم الأزهر الشريف، ما جاء في التقرير بأنه «تدخل سافر وغير مقبول في الشؤون الداخلية لمصر، ويعمل على تفتيت النسيج الاجتماعي المصري».
وأكد الطهطاوى، في تصريحات له، الثلاثاء، أن المجمع أصدر بيانًا رفض فيه كل ما ورد في التقرير الأمريكي عن بناء المساجد وأسلوب الدراسة في جامعة الأزهر، والتمييز في الميراث بين الرجل والمرأة، مضيفاً أن رد المجمع على التقرير جاء مُفصلاً، ومفنداً لكل ما جاء في التقرير الأمريكي.
من جانبها، أيدت الكنائس المصرية بيان مجمع البحوث الإسلامية الرافض للتقرير الأمريكي، واتفقت مع الأزهر، في كون التقرير «تدخلاً في الشأن المصري»، وأكد مصدر في الكنيسة الأرثوذكسية موافقته على البيان، ولكنه في الوقت نفسه، طالب بإيجاد صيغة لحل المشاكل التي يتعرض لها الأقباط في مصر، فيما طالب القس أندريا زكي، نائب رئيس الطائفة الإنجيلية، الولايات المتحدة، باحترام الحريات الدينية وحقوق الإنسان لديها أولاً قبل محاولة حلها في مصر.