على مدار السنوات الماضية التى أعقبت الثورة، أصبحت حركة حماس الفلسطينية متهمة فى العديد من القضايا التى تضر الأمن القومى المصرى، منها التخابر واقتحام الحدود والسجون وارتكاب أعمال إرهابية، بالإضافة إلى تدريب ومساعدة عناصر تابعة للجماعات الإرهابية.
فى 16 يونيو 2015 أصدرت محكمة جنايات القاهرة حكمها فى قضية اقتحام السجون، المتهم فيها الرئيس الأسبق محمد مرسى وقيادات جماعة الإخوان وحركة حماس، حيث عاقبت المحكمة 72 فلسطينياً من الحركة بالإعدام شنقاً لاتهامهم بالاشتراك مع جماعة الإخوان فى اقتحام السجون وتهريب السجناء ونشر الفوضى فى البلاد واقتحام الحدود.
التحقيقات التى سبقت القضية وشهدتها قاعة المحكمة أكدت أن اقتحام سجن وادى النطرون تم من قبل عناصر حركة حماس وحزب الله اللبنانى وعناصر من الإخوان وبدو سيناء، وبعض التكفيريين.
وفى 28 إبريل 2010 عاقبت محكمة جنايات أمن الدولة العليا طوارئ، برئاسة المستشار عادل عبدالسلام جمعة، 26 متهماً بينهم لبنانيان و5 فلسطينيين وسودانى واحد و18 مصرياً بالتخابر لمصلحة حزب الله اللبنانى، بقصد تنفيذ أعمال إرهابية داخل مصر بأحكام تتروح بين السجن المؤبد و6 أشهر، كما عاقبت 5 متهمين آخرين بالسجن المشدد لمدة 10 سنوات فى رصد واستهداف السفن.
وتتضمن الأعمال التى خططت لها هذه الخلية استهداف السفن والبوارج العابرة بقناة السويس والسائحين الأجانب والمنشآت السياحية، وتمثل التخابر فى إمداد قياديى حزب الله محمد قبلان، ومحمد يوسف منصور، بمعلومات وبيانات لتنفيذ الأعمال الإرهابية، تتعلق بإجراءات تأمين عبور السفن والبوارج بالقناة ومواعيد تردد سفن نقل الركاب والحاويات على ميناء بورسعيد وأماكن الخدمات الأمنية الثابتة والمتحركة على طريق المرشدين الموازى لقناة السويس، كما أمدوهما بمعلومات عن الأوضاع الأمنية والسكانية ببعض المدن والمناطق بمحافظتى جنوب سيناء وشمال سيناء ورصد الطرق الرئيسية والفرعية بها وأماكن تردد السائحين الأجانب بمدينة نويبع.
وتعاون المتهمون كذلك مع مندوبى حزب الله فى تدبير وتصنيع العبوات الناسفة لاستخدامها فى تنفيذ الأعمال الإرهابية وفى تسهيل سفر البعض ممن يعملون لأهداف هذا الحزب إلى خارج البلاد بطرق مشروعة وغير مشروعة، لتلقى التدريبات العسكرية وتدريبات على الرصد والمراقبة والاستطلاع وجمع المعلومات بمعسكرات الحزب، ثم العودة إلى البلاد لتنفيذ أعمال إرهابية.
وأظهرت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا، من خلال اعترافات بعض المتهمين فى قضايا الإرهاب، أنهم تلقوا تدريبات على يد أعضاء من حركة حماس بعد التسلل عبر الأنفاق إلى قطاع غزة.
وكان آخرها ما أعلنه اللواء مجدى عبدالغفار، وزير الداخلية، حول الخلية التى نفذت اغتيال المستشار الشهيد هشام بركات، النائب العام، والذى أكد أن المتهمين تلقوا تدريبات على يد ضابط مخابرات حماس.