جاءت هذه المجزرة ضمن عملية اجتياح إسرائيلية شاملة للضفة الغربية عقب عملية تفجير في فندق في مدينة نتانيا، وجاء الاجتياح بهدق القضاء على المجموعات الفلسطينية المسلحة التي تقوم بعمليات قتالية ضد الاحتلال، وفي عملية الاجتياح كانت جنين وبلدة نابلس القديمة مسرحًا لأشرس المعارك التي دارت بين المقاومة والقوات الإسرائيلية.
وقررت مجموعة من المقاتلين الفلسطينيين محاربة القوات الإسرائيلية حتى الموت، الأمر الذي أدى إلى وقوع خسائر جسيمة في صفوف القوات الإسرائيلية، ثم قامت إسرائيل باجتياح مخيم جنين في محاولة للقضاء على المجموعات المقاتلة فكانت مجزرة جنين التي بدأت «زي النهاردة» في 3 أبريل 2002 واستمرت حتي 12 أبريل حيث تم قتل واعتقال الكثير منهم.
وقامت القوات الإسرائيلية بعمليات تنكيل وقتل بحق السكان، حسب المصادر الفلسطينية ومعظم المصادر الأخبارية العالمية المحايدة والجمعيات الدولية مما أدى لسقوط العشرات، فيما حملت إسرائيل المقاتلين الفلسطينيين مسؤوليةتعريض حياة المدنيين للخطر وأشارت الحكومة الإسرائيلية لوقوع معركة شديدة في جنين، مما اضطر جنود الجيش الإسرائيلي إلى القتال بين المنازل.
وأشارت مصادر السلطة الفلسطينية ومنظمات حقوق الإنسان ومنظمات دولية أخرى أن القوات الإسرائيلية أثناء إدارة عملياتها في مخيم اللاجئين قامت بارتكاب أعمال القتل العشوائي، واستخدام الدروع البشرية، والاستخدام غير المتناسب للقوة، وعمليات الاعتقال التعسفي والتعذيب، ومنع العلاج الطبي والمساعدة الطبية.
وقد قتل في هذه المعركة بحسب تقرير الأمم المتحدة 58 فلسطينيا واعترف الجانب الإسرائيلي بمقتل 23 من جنوده، وقد أدانت منظمات دولية وشخصيات عالمية هذه المجزرة وهناك أكثر من فيلم سينمائي ووثائقي لتصوير المعركة وايصالها للعالم مثل فيلم «جينينجراد»، وفيلم «جنين»، للمخرج محمد بكري.