شهدت فعاليات مؤتمر برلمانات الدول الإسلامية الذى عقد فى دمشق، عدة أزمات، أبرزها حول البيان الختامى للمؤتمر، حيث طالب على لاريجانى، رئيس البرلمان الإيرانى، ومحمود الأبرش، رئيس مجلس الشعب السورى، الدول الإسلامية بقطع العلاقات السياسية والاقتصادية مع إسرائيل، ومنع التطبيع، وهو ما جاء فى البيان الختامى بالبند رقم 14، وهو ما اعترض عليه ممثل وفد تركيا، واقترحت الأردن إعادة الصياغة، حيث ينص على إعادة النظر وتدخل رئيس الوفد السورى، مؤكداً أن البرلمانات تمثل الشعوب، ومن حقها أن ترفع مستوى الطموحات، وللحكومات حق تنفيذ ما تريده، وهو ما رد عليه اللواء سعد الجمال، ممثل الوفد المصرى، مؤكداً أن اتفاقية السلام مع إسرائيل تمت من أجل الشعب وليس من أجل الحكومة،
كما تساءل الجمال: كيف يشكر المؤتمر تركيا ويرفض اعتراضها على هذا البند؟ وبالفعل تم التوافق على تغيير الصياغة إلى «يؤكد المؤتمر أن قطع العلاقات مع إسرائيل هو الحل الأنجح ويدعو جميع الدول التى لها علاقات سياسية واقتصادية بإسرائيل إلى إعادة النظر فى هذه العلاقات».
كما شهد المؤتمر أزمة أخرى حينما تقرر توجيه الشكر لتركيا وقطر لقيام الأولى برفع قضية دولية ضد إسرائيل، بينما تتكفل الثانية بالمصاريف، وهنا طالب الوفد الإندونيسى بضرورة توجيه الشكر لمصر على فتح معبر رفح وأيده ممثلا وفد السودان وليبيا، وبعدها طالب ممثل الأردن بتوجيه الشكر لبلاده لقيامها بتأسيس مستشفى متنقل خلال الأزمة، إلا أن رئيس وفد سوريا اكتفى بتوجيه الشكر لتركيا وقطر.. وعندما تحدث مع د. فتحى سرور بعد ذلك قال له سرور: «مصر أكبر من أن تشكر.. فهذا واجب عليها.. ومصر تساند القضية الفلسطينية من منطلق انتمائها العربى والإسلامى ولا تحتاج إلى شكر».
كان سرور قد حرص خلال المؤتمر على توصيل رسالة أساسية للوفود الإسلامية، مفادها «أن استمرار فتح معبر رفح ضد وحدة الإقليم الفلسطينى طالما أن إسرائيل تمتنع عن فتح المعابر بين الضفة الغربية وغرة»، وأوضح سرور أن البعض أراد تصوير أزمة مطار غزة على أنها مصرية فلسطينية، وليست إسرائيلية فلسطينية، وأن إسرائيل لديها مخطط لإلقاء عبء غزة على سيناء وعبء الضفة على الأردن.
ضم وفد مصر، برئاسة د. فتحى سرور، كلاً من اللواء سعد الجمال، خالد خيبرى، آمر أبوهيف، بالإضافة إلى المستشار سامى مهران، أمين عام مجلس الشعب.