كشفت تقارير الجهاز المركزى للمحاسبات للعام 2012 - 2013، عن عجز كبير فى الميزان التجارى للهيئة القومية للسكك الحديدية، ومشروعات بالأمر المباشر، بلغ 6 مليارات جنيه.
وأرجعت التقارير، التى حصلت «المصرى اليوم» على صورة منها، سبب زيادة العجز إلى توقف الخدمات على خطوط السكة الحديد، نتيجة المطالب العمالية والفئوية والمشاكل الاقتصادية، والانفلات الأمنى وتعرض المسافرين للبلطجة من قبل لصوص، ما أدى إلى عزوف جمهور المسافرين عن السفر بالقطارات.
وأشارت التقارير إلى أن تعاقد الهيئة على إنشاء جراج رمسيس بتكلفة 9.9 مليون جنيه عام 2002، قفز إلى 36 مليون جنيه، دفعت منها الهيئة حتى قرار الهدم 32 مليوناً، ورغم مرور نحو 8 سنوات على قرار مجلس الوزراء رقم 15 لسنة 2006 بالهدم، فإنه مازالت التحقيقات مستمرة للوقوف على أسباب إهدار الـ32 مليوناً التى دفعتها الدولة لشركة النيل العامة للطرق والكبارى وعدد من المقاولين. وأوضحت التقارير زيادة تكلفة محطة سيدى جابر بالإسكندرية من 70 مليون جنيه إلى 225 مليوناً، ورغم ذلك لايزال العمل مستمراً بها منذ عام 2007، رغم أن العقد الأصلى يلزم الشركة بالانتهاء منها خلال 12 شهراً، مشيرة إلى أن الأسعار الواردة بمستخلصات الأعمال تعبر عن وجهة نظر المقاول والاستشارى، إذ لم تنته اللجنة لتحديد الأسعار النهائية من أعمالها، ما ينتفى معه حالة الضرورة التى تبرر الإسناد عن طريق الأمر المباشر.
وذكرت التقارير قيام شركة المركز الطبى المملوكة للهيئة بالتعاقد فى عام 2009 مع مجلس الدفاع الوطنى لتطوير وتحديث مبنى مستشفى الهيئة بالقاهرة بالأمر المباشر، بتكلفة تصل إلى نحو 120 مليون جنيه، منوهة إلى أن الهيئة تعاقدت مع شركة النصر العامة للمقاولات لتطوير محطة رمسيس مقابل 80 مليون جنيه، إلا أنه تم تعديل التعاقد 3 مرات لتصل القيمة الإجمالية للتطوير لنحو 200 مليون.