ويهدف المجلس الوطني إلى تعزيز قيم العدالة والمساواة ونشر ثقافة المواطنة وتعميق الوعي بها، والمساهمة في كل ما من شأنه ضمان ممارسة قانونية وواقعية للعدالة والمساواة بين أبناء الشعب المصري دون النظر إلى النوع أو الدين، فضلاً عن رصد حالات التمييز النوعي والعرقي والديني.