ويواجه البلدان تحديات جديدة وجدية، خاصة بعد انفصال جنوب السودان، وتتعلق كذلك بمياه النيل، وعلاقتهما بدول حوض النيل، خاصة بعد أن وقعت بلدان الحوض الأخرى «اتفاقية عنتيبي» للمطالبة بإعادة النظر في إعادة توزيع مياه النيل من جديد باعتبار اتفاقية «مياه النيل» غير عادلة بالنسبة لدول المنبع، وسط اتهامات لدول المصب بالهيمنة على حصص كبيرة من المياه، ورفضت مصر والسودان توقيع تلك الاتفاقية، كما يواجه البلدان تحدي إقامة إثيوبيا لـ«سد الألفية» على أعالي النيل الأزرق، والذي يعتقد خبراء أنه سيؤثر على حصصهما من المياه.