كان البابا، أثناء فترة عزله فى وادى النطرون، قال إن أوجه الاختلاف بينه وبين الرئيس السابق أنور السادات عديدة وإن أسبابا سياسية وقفت وراءها، خاصة أن السادات أراد تثبيت سلطته بوسائل أثارت مخاوف الأقباط، فقام البابا من ناحيته بإبلاغ الرئيس فحوى تلك المخاوف، معتبرا أن نقله مطالب الأقباط ومخاوفهم ليس هدفه أن تلعب الكنيسة دوراً سياسياً.
وفجر البابا مفاجأة تتمثل فى أن هذا الخلاف كان من الممكن لجمه فى أضيق الحدود، لكن الوسطاء بين الرئيس والبابا، ومعظمهم كانوا مسيحيين، وسعوا الفجوة بينهما، حتى سحب السادات اعتراف الدولة بمنصب البطريرك، وأوقف القرار الإدارى وفرض عليه الاعتكاف فى الدير وحدد إقامته ولم يستطع خلعه من الكرسى البابوى، إذ إنه يأتى بـ«قرعة هيكلية» من اختيار الله، ورغم هذا لم يحرض البابا الأقباط للخروج للتظاهر ضد السادات كى يعود لموقعه.
وكانت عظاته دوما تحمل رسائل لأبنائه فى المهجر، حتى لا ينصتوا إلى الشائعات التى تتسرب إليهم دون أساس من الحقيقة عن أوضاع الأقباط فى مصر، وكثيراً ما تعرض البابا لانتقادات حادة واتهامات بأنه مسالم أكثر مما ينبغى، ورحل في هدوء وكبرياء كما عاش.