من كبرى المشكلات التى تواجه البحث العلمى فى مصر السلطة المطلقة للقائمين على قيادة قاطرة البحث العلمى فى مصر وإذا أردنا أن نلقى الضوء أكثر على هذه المشكلة فنجدها تتمثل فى صور عديدة من أهمها اختصاص رؤساء الجامعات والمراكز البحثية بقرار التصرف فى الميزانية الموجهة لهم من الوزارة أو أكاديمية البحث العلمى بمعنى أنه لا توجد لكل شعبة ميزانية مستقلة من ميزانية المؤسسة البحثية، بل الأمر كله تحت مسمى ميزانية واحدة لهدف واحد!!
مما سبب خللاً واضحاً فى مسيرة البحث العلمى فى مصر، حيث فى الغالب تعتمد الأمور على الأهواء الشخصية فإذا كان رئيس المؤسسة من القسم الفلانى أغدق على قسمه أو معمله الكثير مما يجحف حقوق الآخرين ويعطل كثيراً من المشاريع والدراسات البحثية ويؤدى إلى عدم تحمل المسؤولية وإهمال تطبيق سياسة الثواب والعقاب وبالتالى أقترح حلاً لهذه المشكلة وهو أن يتحمل كل قسم مسؤوليته وتكون له ميزانية خاصة به منشقة من ميزانية المؤسسة وعلى هذا الأساس يلبى كل قسم احتياجاته من ميزانيته الخاصة ويتبع هذا التكليف متابعة ورقابة لما يتم عمله وكذلك تضيف بعداً جديداً فى التعاون بين الأقسام بعضها البعض فمن الوارد أن يطلب قسمان نفس الماكينة وبالتالى لا توجد مشكلة فى اشتراك كل منهما فى شرائها وتحمل مسؤوليتها لا أن ننتظر موافقة المؤسسة على الصرف من الميزانية الخاصة بها وندخل فى دوامة لا نستطيع الخروج منها تؤدى كما هو الحال إلى توقف كثير من البحوث والدراسات والتجارب العملية وخلاصة القول أطالب بإدخال اللامركزية إلى المؤسسات البحثية فهى السبيل إلى التوزيع العادل لميزانية البحث العلمى وأؤكد أنه لا سبيل لتقدم البحث العلمى إلا عن طريق ديمقراطية قادة البحث ونضج أفكارهم ومشاركتهم وتعاونهم فى حل كل المشكلات التى تواجه البحث العلمى فى مصر.