بدأت أحداث الحلقة الثانية من مسلسل «الاختيار» لمشاهد داخل مستشفى رفح العام عام ٢٠١٢، من أحداث مجرة رفح الأول، وانتقلت الأحداث إلى منزل الارهابي هشام عشماوي الذي يجسد دوره الفنان أحمد العوضي، وزوجته ووالدته، ويدور حوار حول مائدة السحور عن الحادث الإرهابي، ثم يذهب لأداء صلاة الفجر.
على الجانب الآخر يظهر الضابط أحمد منسي الذي يجسد دوره الفنان أمير كرارة، داخل غرفته ممسكاً بورقة وقلم ليرسم بها عسكري يحمل علم مصر، ويظهر عليه الحزن الشديد نتيجه الحادث الإرهابي، ويرفض تناول طعام السحور، ويتجه لأداء صلاة الفجر.
وتنتقل الأحداث إلى حوار بين الإرهابي عشماوي وأحد أفراد جماعة أنصار بيت المقدس، الذي يحثه فيها على ما أسماه الجهاد في سبيل الله، ويفتيه بأنه «يبعث المرء على نيته» حتى لو قتل أبرياء.
وتنتقل الأحداث إلى منسي، الذي يجلس في المسجد ويتحدث معه أحد المصلين عن الجهاد الصحيح، مستعينا بقوله تعالي «يا أيها النبي جاهد الكفار والمنافقين»، وهو ما يعني حسن المعاملة والكلمة الطيبة، وليس القتال.
وفي مشهد جديد يظهر عشماوي برفقة صديقة عماد، بعد تولي الرئيس عبدالفتاح السيسي منصب وزير الدفاع، ويحدثه عن رغبته في الجهاد في سوريا والعراق، لينصحه عماد بالوصول إلى أبومصعب أمير كتيبة المهاجرين في سوريا.
وتنتقل الأحداث إلى مليونية «للثورة شعب يحميها» احتجاجا على الإعلان الدستوري ٢٠١٢، ويقول منسي إن الإعلان لإلهاء الناس عن سيناء وما يحدث فيها، وتظهر أزمة البنزين في انتظار منسي وصديقه لساعات امام إحدى محطات الوقود، ليخبره منسي بقرار ذهابه إلى سيناء ويوصيه بأسرته.
يظهر حزن عشماوي بعد خروجه من الخدمة، وهو ما كان ينتظره منذ سنوات، وفي مارس ٢٠١٣، يقرر عشماوي السفر إلى أبومصعب في سوريا للتواصل مع جبهة النصرة.
ويلتقي منسي أحد ضباط المظلات، والذي يلعب دوره الفنان إياد نصار، اللذان يتلقيان أوامر من القيادة العامة لتنفيذ عملية في العريش، ردا على مجزة رفح، داخل أحد المزارع غرب مطار العريش، وهي وكر للقيادات التكفيرية، ويتلقون أوامر بالقبض على أبوعمر، المسؤول عن تنفيذ عملية رفح، ونزول إياد نصار ومجموعة المظلات ليلا داخل المزرعة، وتحرك منسي وفرقته من مطار ألماظة إلى مطار العريش، ثم التحرك سيرا إلى المزرعة، لعدم لفت الانتباه.
وتنتهي أحداث الحلقة الثانية بوداع منسي لزوجته، وعشماوي لأسرته، وظهور الفنان آسر ياسين كأحد أفراد العملية العسكرية للقضاء على التكفيريين.