اتهم حزب مصر الحرية أجهزة الدولة بإخفاء الأدلة وعدم تعاون الأجهزة الأمنية المختلفة في تقديم الأدلة المطلوبة، بل تخلصها من المستندات مما يتطلب المحاسبة عن هذا التعمد والتواطؤ.
وطالب الحزب في بيان أصدره بمناسبة الحكم ببراءة نجلي مبارك، ومساعدي وزير الداخلية الأسبق، حبيب العادلي بالبراءة من تهم قتل المتظاهرين في ثورة يناير، بإقالة النائب العام لمسؤوليته المباشرة عن نقص الأدلة والمستندات المقدمة في هذه القضية، كما يدعو إلى تشكيل لجنة تحقيق قضائية مستقلة للتحقيق في تقصير جهاز الشرطة في أحداث الثورة، وتحديد المسؤولين عن قتل المتظاهرين، والانسحاب الأمني، وإخفاء وتدمير الأدلة على كل ذلك.
وأشار البيان إلى أن جزءًا مما نعاني منه هو تقصير البرلمان حتى الآن عن إصدار تشريعات تضمن محاسبة رموز النظام السابق، على أسس من العدالة والقانون.
وشدد البيان في نهايته على حق التظاهر السلمي ضد العوار الذي أصاب المحاكمة، وتقاعس أجهزة الدولة المختلفة في مساعدة العدالة، وأكد ضرورة الطعن على الحكم، واستخدام كل الأساليب القانونية لذلك.