إذا خلا كرسى البطريرك بسبب وفاة شاغله أو لأى سبب آخر فيجتمع المجمع المقدس والمجلس الملى العام بناء على دعوة أقدم المطارنة رسامة وبرئاسته وفى ميعاد لا يجاوز سبعة أيام من تاريخ خلو الكرسى لاختيار أحد المطارنة قائمقام البطريرك، ويصدر أمر جمهورى بتعيين القائمقام البطريرك ليتولى شؤون البطريركية الجارية بحسب القوانين والتقاليد الكنسية وطبقاً للوائح المعمول بها وذلك إلى أن يتم تعيين البطريرك.
شروط الترشيح
أ- أن يكون مصرياً قبطياً أرثوذكسياً.
ب- أن يكون من طغمة الرهبنة المتبتلين الذين لم يسبق لهم الزواج سواء كان مطراناً أو أسقفاً أو راهباً.
ج- أن يكون قد بلغ من العمر أربعين سنة ميلادية على الأقل عند خلو الكرسى البطريركى، وأن يكون قد قضى فى الرهبنة مدة لا تقل عن 15 عاماً.
يقوم المرشح بتقديم تزكية إلى اللجنة خلال شهرين من تاريخ خلو الكرسى مكتوبة وموقعة من ستة من المطارنة أو الأساقفة أو رؤساء الأديرة، أو من اثنى عشر عضواً أو نائباً من أعضاء المجلس الملى العام ونوابه الحاليين أو السابقين.
الناخبون
يشترط فى الناخب أن يكون مصرياً قبطياً أرثوذكسياً، وألاَّ يكون قد سبق الحكم عليه بجريمة ماسة بالشرف.
أ- أن يكون قد بلغ من العمر خمسة وثلاثين سنة ميلادية على الأقل فى تاريخ خلو الكرسى البطريركى.
ب- أن يكون حاصلاً على شهادة دراسية عالية أو أن يكون موظفاً حالياً أو سابقاً فى الحكومة المصرية والهيئات.
ج- أن يتم اختياره بمعرفة إحدى الجهات الموكول إليها ذلك.
ينحصرالناخبون فى الفئات الآتية: المطارنة والأساقفة ورؤساء الأديرة ووكلائها وأمنائها، و أعضاء المجلس الروحى بالقاهرة ووكلاء المطرانيات ووكلاء الشريعة فى المدن والبنادر.
أربعة وعشرين كاهناً من كهنة القاهرة وسبعة من كهنة الإسكندرية، الوزراء الأقباط الحاليين والسابقين، وأعضاء مجلس الأمة الحاليين من الأقباط، أعضاء ونواب المجلس الملِّى العام الحاليين والسابقين، اثنين وسبعين من أراخنة القاهرة، وأربعة وعشرين من أراخنة الإسكندرية، اثنى عشر من أراخنة كل أبروشية فى الجهات الأخرى، أصحاب الصحف ورؤساء تحريرها ومحررى الصحف اليومية من الأقباط بشرط أن يكونوا أعضاء فى نقابة الصحفيين.
لجنة اختيار البطريرك
تؤلف من القائمقام البطريرك رئيساً، ومن 18 عضواً يختارهم المجمع المقدس بحيث يكون نصفهم من المطارنة والأساقفة والنصف الآخر من أعضاء المجلس الملى العام أو نوابه الحاليين أو السابقين.
عملية الانتخاب
تؤلف لجنة الانتخاب من القائمقام البطريرك رئيساً ومن ثلاثة من رجال الدين يختارهم المجمع المقدس وثلاثة من الأراخنة تختارهم لجنة الترشيح قبل الموعد المعين للانتخاب بثلاثة أيام على الأقل، ويعهد الرئيس إلى أحد أعضائها بأعمال السكرتارية. يحضر عملية الانتخاب مندوب من وزارة الداخلية بناء على طلب رئيس هذه اللجنة.
إعلان الأسماء
تضع اللجنة القائمة النهائية بأسماء المرشحين اللائقين للكرسى البطريركى من بين مقدمى التزكيات الذين تتوافر فيهم الشروط على ألاَّ يقل عددهم عن خمسة ولا يزيد على سبعة، وترتب أسماؤهم بحسب الحروف الهجائية.
الفرز
بإتمام الفرز يعلن الرئيس أسماء الثلاثة الحائزين أغلبية الأصوات بحسب ترتيب حصولهم عليها.
القرعة الهيكلية:
يعلن القائمقام البطريرك عن موعد إجراء القرعة الهيكلية ومكانه وتتم القرعة وفقاً للقواعد والتقاليد الكنسية، ويعلن القائمقام البطريرك اسم من اختارته القرعة عن طريق قيام طفل بسحب اسم من بين الثلاثة المرشحين. ويصدر قرار جمهورى بتعيين البطريرك ويقوم القائمقام البطريرك برسامته وفقاً لتقاليد الكنيسة.