على مدى عشرات السنوات عاش البابا شنودة، بابا الإسكندرية، بطريرك الكرازة المرقسية، أزمات صعبة استطاع العبور منها بسلام، إلا أن أصعبها تلك التى عاشها فى عصر الرئيس الأسبق أنور السادات، مقارنة بالأزمات التى مر بها فى عهدى الرئيس السابق حسنى مبارك والمجلس العسكرى.. بين تولى مهام البابوية والتجريد من الرتبة الدينية وتحديد الإقامة فى دير الأنبا «بيشوى» بوادى النطرون، إلى مذبحة ماسبيرو.. محطات مهمة فى حياة البابا شنودة.
1971 تنصيب البابا شنودة
تولى منصب البابوية بعد رحيل البابا كيرلس السادس، ليكون البابا رقم 117 فى تاريخ الكنيسة القبطية.
أول صدام مع الرئيس السادات، عندما تم حرق جمعية الكتاب المقدس فى منطقة الخانكة، وإزالة بعض المبانى التابعة للجمعية.
1975 تعداد الأقباط
جاء إعلان الرئيس الراحل أنور السادات عن أن تعداد الأقباط فى مصر أقل من مليونين ونصف المليون، بما يتناقض مع أرقام الكنيسة، التى أكدت فى إحصائياتها أن تعداد الأقباط وصل إلى 7 ملايين نسمة.
1977 زيارة إسرائيل
زيارة «السادات» لإسرائيلرفض زيارة السادات لإسرائيل، و منعها على الأقباط إلا بعد حل القضية الفلسطينية، وقام بمعاقبة مخالفى القرار بالحرمان من ممارسة سر «التناول».
1981 احتفالات القيامة
البابا شنودةوافق الرئيس على لقاء 5 من الأساقفة، إلا أنه اعتذر فجأة، وهو ما اعتبره القساوسة إهانة، فأجمعوا على إلغاء الاحتفال بعيد القيامة.
1981 الاعتقال
أفصح الرئيس السادات للأنبا متى المسكين عن نيته اعتقال البابا، إلا أن الأنبا متى أعلن رفضه القرار، قائلا: «العنف لا يولد إلا عنفاً»، وأخذ يشرح للرئيس وضع البابا الدينى، وأنه لا يجوز للدولة أن تنحيه عن رئاسة الكنيسة القبطية، فتراجع الرئيس عن فكرة اعتقال البابا ووافق على فكرة إيداعه فى الدير.
1999 الكشح
اندلعت أعمال العنف فى 31 ديسمبر 1999 فى قرية «الكشح» بمحافظة سوهاج، وأسفرت عن مقتل 20 شخصا، 19 منهم من أتباع الكنيسة القبطية، وأصيب 33 آخرون بجروح.
2010 نجع حمادى
طالب البابا شنودة بعدم خروج الأقباط للتظاهر فى محافظة قنا، احتجاجا على أحداث نجع حمادى، مؤكدا أن أقباط ومسلمى مصر نسيج واحد.
2010 أزمة بيشوي
«آسف لجرح شعور إخواننا ومستعد لترضيتهم.. وهم الأغلبية ونحن الضيوف عليهم» بهذه الكلمات عبر البابا عن موقفه من تصريحات الأنبا بيشوى، بأن المسلمين ضيوف على الأقباط.
2010 كاميليا شحاتة
رفض البابا خروج كاميليا شحاتة إلى وسائل الإعلام، مؤكدا أنه ليس من حق أحد معرفة مكانها، لأنها لم تعتنق الإسلام.
2010 كنيسة العمرانية
قرر البابا شنودة الاعتكاف داخل دير الأنبا بيشوى بوادى النطرون، احتجاجا على أحداث كنيسة العمرانية.
2011 تفجيرات القديسين
صرح بأن حادث كنيسة القديسين أعاد إلى ذهنه حادث نجع حمادى، مؤكدا أن هناك قوى تريد زعزعة استقرار البلاد ولا تريد الخير لمصر.
2011 مذبحة ماسبيرو
دعا الأقباط إلى الصيام لمدة 3 أيام، احتجاجا على الأحداث الدامية التى شهدتها منطقة ماسبيرو، وأسفرت عن وفاة 25 ونحو 300 جريج