شهدت أروقة الجمعية التأسيسية مناقشة ساخنة بين الدكتور نصر فريد واصل، مفتى الجمهورية السابق، عضو الجمعية التأسيسية، والدكتور وحيد عبدالمجيد، المتحدث باسم الجمعية، عندما بدأ واصل بمعاتبة عبدلمجيد على اعتراضه فى لجنة الصياغة على المادة المستحدثة الخاصة بالأزهر كمرجعية نهائية للدولة فى الأمور الشرعية. وقال عبدالمجيد إن هذا يعنى وجود مرجع أعلى كما فى إيران، وأضاف أن وضع جملة أنه المرجعية النهائية تجعله «آية الله العظمى»، والمرجعية النهائية ستجعله يكفرنا وسيحول الأزهر إلى «مكفر». وتابع أن الأمر لو استشارى فقط لا نستخدم كلمة المرجعية النهائية فهو تعبير لا يعبر عن معنى استشارى. وأشار إلى أن وجود مرجعية عليا للشيعة أدى إلى أن يكون انتشار الإسلام الشيعى محدوداً بينما تعدد الآراء فى الإسلام السنى أدى إلى اتساع رقعة انتشاره.
ورد واصل قائلا إن الأزهر سيكون رأيه استشاريا لحسم القضايا الخلافية فى الأمور الشرعية ولو الاعتراض على التعبير نفسه فيمكن أن نناقشه لحسم النزاع.
وحاول الدكتور يونس مخيون، عضو الجمعية عن حزب النور، ومحمد سعد جاويش، عضو الجمعية عن الدعوة السلفية، والمستشار ماجد شبيطة، عضو لجنة نظام الحكم، إقناع عبدالمجيد بأن مرجعية الأزهر ستكون استشارية إلا أنه أصر على أنها تجعل الأزهر أشبه بالنظام الإيرانى. وقال شبيطة إنه لا خلاف فى أن الهدف من جعل الأزهر مرجعية هو تقنين وضع أدى إلى خلافات وفتن فى سنوات سابقة عندما اختلف الأزهر مع شيوخ السلف فى بعض الأمور، وهو ما أدى إلى وقوع بعض المشكلات والفتن.