لخوفه من تكرار استبعاده من جوائز الدولة، كما سبق وحدث معه مرتين قبل أن يحصل عليها فى العلوم التكنولوجية عام 2006، تقدم الدكتور محمود إمام نصر، أستاذ الوراثة فى كلية الزراعة جامعة المنوفية، العميد السابق لمعهد بحوث الهندسة الوراثية والتكنولوجيا الحيوية فى المنوفية، بعدد من الشكاوى إلى رئيس الوزراء والمجلس الأعلى للقوات المسلحة ووزير الدولة للبحث العلمى ورئيس أكاديمية البحث العلمى، طالب فيها بفحص أوراق المتقدمين لجائزة النيل من خلال تشكيل لجنة مكونة من الحاصلين على الجائزة سابقاً والمقارنة بين المتنافسين على الجائزة على أساس ما أضافوه من أنشطة وإنجازات منذ حصولهم عليها، حتى لا يكافأ الشخص على الأعمال نفسها مرتين دون إضافة جديد.
وطالب نصر فى شكواه بتعديل معايير اختيار الحاصلين على الجوائز وفقاً لمعايير علمية محايدة، وقال: «شعرت بعدم وجود تغيير فى معايير الاختيار للجائزة بعد ثورة 25 يناير فقد حصلت على الجائزة عام 2006 بعد تقدمى لها 5 مرات رغم حصول آخرين عليها من أول مرة ولدىَّ تاريخ علمى يشهد لى، وأضفت إلى أعمالى إضافات علمية جديدة بعد حصولى على (التقديرية)، بالإضافة إلى تقدمى إلى جائزة النيل للمرة الثالثة على التوالى». وأضاف: «أكاديمية البحث العلمى أعلنت شروط الترشح لجائزة مبارك فى عام 2009 وبعد إغلاق باب الترشح تم وضع قواعد جديدة للفحص والتقييم تخالف المعمول به سابقاً، تطبق مباشرة على المتقدمين دون منحهم فترة انتقالية تسبق الإعلان عن القواعد الجديدة».
وتابع: «تعرضت للظلم مرتين: الأولى عندما تقدمت لنيل التقديرية فى 2003، حيث تمت إجازتى من لجنة الزراعة ولكن مجلس الأكاديمية لم يعلن نتيجة اللجنة وأجرى المجلس تصويتاً بين أعضائه، واختار شخصاً غيرى، مما ترتب عليه تأخرى فى الحصول على الجائزة فى 2006 كما تم ظلمى عند ترشيحى لجائزة مبارك سابقاً مرتين وتم إجازة غيرى (لا يرقى مستواهم لها).
وقال نصر: «التقيت منذ أيام الدكتور عمرو عزت سلامة، وزير التعليم العالى والدولة للبحث العلمى، وأكد أنه لن يتدخل فى اختيار الفائزين بالجائزة، وطالبته بأن يكون هناك عدل وموضوعية فى التقييم، وأضاف: تجربتى مع جوائز الدولة دفعتنى لمطالبة سلامة بأن تكون هناك معايير محايدة ومعلنة وألا يكون التقييم فقط على مجمل مشوار الإنسان وعطائه ولكن لابد من مراعاة ما يضيفه من إنجازات بعد أى جائزة يحصل عليها، كذلك عدم اعتماد النتائج إلا بعد مراجعة الأكاديمية لصحة تطبيق المعايير على الاختيارات. وأن تتم إضافة جائزة أخرى فى مجال العلوم حتى لا يحدث احتقان بين المتقدمين لها وإعطاء فرصة أكبر لهم.