توقعت الجماعة الإسلامية وتنظيم الجهاد، أن يستمر تنظيم القاعدة على نفس الخط الفكرى والجهادى مثلما كان فى عهد بن لادن، واعتبرت اختيار الدكتور أيمن الظواهرى، أميراً للتنظيم بأنه أمر متوقع وطبيعى.
وقال الدكتور عصام دربالة، رئيس مجلس شورى الجماعة الإسلامية: «إن من يعرف الظواهرى يدرك أنه كان رقم واحد مكرر فى تنظيم القاعدة»، وتسيطر عليه فكرة مواجهة أمريكا، متوقعاً استمرار عمل القاعدة طالما استمر الظلم الأمريكى للإسلاميين. وقال المهندس عاصم عبدالماجد، المتحدث باسم الجماعة: «إن اختيار الظواهرى يناسب الخط الفكرى والمقاومة المسلحة لمشروعات الهيمنة الغربية، الذى تبناه الراحل أسامة بن لادن، وكان الظواهرى صانعاً لهذا الخط، ولذلك كان طبيعياً أن يرأس التنظيم».
وحول مطالبتهم للشعوب الإسلامية بالانتفاض حتى تحكم الشريعة الإسلامية، أكد أن هذا شىء جديد على خط القاعدة، ونجاح الثورات العربية جعلهم يبتكرون هذا الخطاب الجديد. مضيفاً أن الظواهرى، شخصية قوية وعنيدة، ولكنه عاطفى فى الوقت نفسه. وقال علاء الدين شتا، أحد قيادات تنظيم الجهاد، إن الظواهرى كان الرجل الأول فى تنظيم القاعدة، حتى فى حياة أسامة بن لادن، حيث كان مسؤولا عن العمل العسكرى، وتم اختياره من خلال مجلس شورى أهل الحل والعقل، حيث ترشح 5 أشخاص، من بينهم الظواهرى، وتم اختياره من هؤلاء الخمسة.
ووصف الدكتور عمار على حسن، الخبير فى شؤون الحركات الإسلامية، خطاب الظواهرى بأنه تقليدى وإنشائى ويؤكد استمرارية التنظيم فى التصور والنهج الذى يتبناه «القاعدة» ولن يطرأ أى تغيير على سياسته.
وقال الدكتور وحيد عبدالمجيد، رئيس مركز الأهرام للترجمة والنشر: لا أتوقع تغييراً فى سياسة التنظيم، وأتصور أنه بعد استيلاء الوحدة الخاصة التى اغتالت بن لادن على عدة أجهزة كمبيوتر وسيديهات تحتوى على كثير من المعلومات المتعلقة بالقيادة المركزية للتنظيم، سيجعلها عاجزة عن الحركة لفترة طويلة، إضافة إلى الدواعى الأمنية التى تمر بها المنطقة، وبالنسبة لمصر فإنها ليست على خريطة التنظيم. فيما أكد الدكتور عمرو الشوبكى، الخبير بمركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية، أن تنظيم القاعدة لديه مشكلة مع أى نظام غير دينى فى مصر، إضافة إلى مشاكله مع النظام السابق، وأعتقد أن تأثيره لن يكون كبيراً فى حالة نجاح مصر فى إقامة نظام مدنى ديمقراطى حقيقى.
على صعيد متصل، قللت الكنائس المصرية الثلاث، الأرثوذكسية والكاثوليكية والإنجيلية، من أهمية تولى الدكتور أيمن الظواهرى زعامة التنظيم، وأعربت عن ثقتها فى قدرة الدولة على مواجهة تهديدات القاعدة، وقالت إنها لم تلتفت إلى التسجيلات التى تم بثها وتهدد بإستهداف أقباط مصر وكنائسهم.
وقال القمص سرجيوس سرجيوس، وكيل البطريركية القبطية الأرثوذكسية، إن الأقباط جزء من النسيج الوطنى وأن حمايتنا وحماية كنائسنا بيد الله أولا والدولة ثانياً. ووصف القمص صليب متى ساويرس، عضو المجلس الملى العام، تهديدات القاعدة لكنائس مصر بأنها «جبانة»، مشيراً إلى أن كنائس مصر يحميها شعب مصر.
وطالب القس صفوت البياضى، رئيس الطائفة الإنجيلية، الشعب المصرى بالتلاحم لمواجهة التهديدات الخارجية، لأن الكنائس والمساجد ملك للجميع.
وأكد الأنبا أنطونيوس عزيز، مطران الكاثوليك بالجيزة، أن أمن الكنائس المصرية لن يتأثر بالظواهرى أو بتهديداته، مشيراً إلى أن وزارة الداخلية تؤدى دورها فى كل الظروف.