أوصت لجنة النظام الانتخابي بمؤتمر الوفاق القومي، الذي تنعقد جلساته بمجلس الشعب، بتطبيق «قانون الغدر» على أعضاء وقيادات الحزب الوطني المنحل، كوسيلة لتطبيق مبدأ «الحرمان السياسي» الذي طالب به بعض أعضاء المؤتمر.
وينص «قانون الغدر» على أنه «يعد مرتكبا لجريمة الغدر كل من كان موظفا عاما، أو عضوا في البرلمان أو المجالس البلدية أو القروية، أو مجالس المديريات، وارتكب عملا من شأنه إفساد الحكم أو الحياة السياسية، واستغلال النفوذ للحصول على فائدة أو ميزة لنفسه أو لغيره».
وأوصت اللجنة أيضا بالإبقاء على مبدأ التعيين في مجلس الشورى، مع سحب تلك الصلاحية من رئيس الجمهورية. غير أن اللجنة قد شهدت خلافا حول الجهة التي ستقوم بالتعيين، حيث طالب البعض بإسناد الأمر للجنة قضائية، وطالب آخرون بأن يتم التعيين عن طريق مجلس حكماء يضم أعضاء من مجلس الشعب وشخصيات عامة، فيما طالب البعض بأن يتم تعيين رؤساء النقابات المنتخبين ديمقراطيا.
واختلف ناجي الشهابي، رئيس حزب الجيل، مع أغلبية أعضاء اللجنة، إذ رأى أن تظل سلطة اختيار الأعضاء المعينين في «الشورى» بيد رئيس الجمهورية مع وضع معايير محددة للاختيار، وإلزام الرئيس بأخذ رأي رئيس الوزراء.
وطالب أحمد الجبيلي، رئيس حزب الشعب، بزيادة أعضاء مجلس الشورى من 274 إلى 300 عضو، على أن يتم رفع عدد الدوائر من 88 إلى 97 دائرة.
ومن جهة أخرى رفض أعضاء اللجنة اقتراحا من الدكتور عمرو هاشم ربيع، رئيس اللجنة، بإضافة شرط حسن السير والسلوك لشروط الترشح في انتخابات مجلس الشعب، وكان ربيع قد اقترح ذلك «لمنع أعضاء الوطني من الترشح في الانتخابات».
وأوصت اللجنة بإلغاء نسبة «50% عمال وفلاحين» بمجلس الشعب، كما اقترحت أيضا أن يتم تخصيص مقاعد برلمانية تمثل المصريين في الخارج، بموجب دائرة انتخابية عن كل قارة، على أن تجرى الانتخابات في مقر القنصليات المصرية بالبلدان المختلفة وتحت إشراف لجنة قضائية.
وعلى صعيد آخر في لجنة الحقوق والحريات والواجبات العامة بالمؤتمر، طالب أعضاء اللجنة أن يتضمن الدستور الجديد مادة تؤكد الهوية الأفريقية لمصر. مشيرين إلى أن بعد الدول العربية أدى إلى «ابتعاد أفريقيا عنهم».
كانت اللجنة قد شهدت جدلا كبيرا حول المادة رقم 41 من الدستور، والتي تنص على أن «الحرية الشخصية حق طبيعى وهى مصونة لا تمس، وفيما عدا حالة التلبس لا يجوز القبض على أحد أو تفتيشه أو حبسه أو تقييد حريته بأى قيد أو منعه من التنقل إلا بأمر تستلزمه ضرورة التحقيق وصيانة أمن المجتمع، ويصدر هذا الأمر من القاضى المختص أو النيابة العامة، وذلك وفقا لأحكام القانون»، حيث طالب البعض بوضع حدود في هذه المادة لمفهوم «الحرية الشخصية»، حتي لا تشمل ما سموه «العقائد المنحرفة»، وزواج المثليين.
ودافع أعضاء آخرون عن مبدأ حماية «الحرية الشخصية»، وطالبوا بمعالجة السلبيات المترتبة على الاستخدام «المتعسف» للحبس الاحتياطي ضد «أصحاب الرأي والفكر»، فأكدوا ضرورة الإفراج الفوري عن أي محبوس احتياطيا فور التأكد من عدم وجود ما يدينه، مع معاقبة المسؤول عن حبسه بمدة مساوية لفترة الحبس الاحتياطي.