كان الدكتور عبدالحليم محمود، صاحب مواقف فارقة مع النظام أثناء مشيخته للأزهر، منها ما أبداه تجاه المحكمة العسكرية في قضية جماعة التكفير والهجرة، وكانت المحكمة استعانت بعدد من علماء الأزهر لإبداء الرأى في فكر الجماعة، لكنها كانت في عجلة من أمرها فأصدرت أحكامها دون استئناس برأى الأزهر بل تضمن حكمها هجوما على الأزهر، ما أغضب الإمام الأكبر فأصدر بيانا امتنعت معظم الصحف اليومية عن نشره ونشرته صحيفة الأحرار، واتهم فيه المحكمة بأنها لم تمكن علماء الأزهر من الاطلاع على آراء التنظيم بالاستماع إلى أصحابه لمعرفة الظروف التي أدت بهم لهذا الفكر،واكتفت بعرض محاضر النيابة.
عبدالحليم محمود الذي في ١٢ مايو ١٩١٠بقرية أبوأحمد مركز بلبيس بمحافظة الشرقية وحفظ القرآن والتحق بالأزهر في ١٩٢٣، وحصل على العالمية سنة ١٩٣٢، وسافر لفرنسا على نفقته، ومنها حصل على الدكتوراة في الفلسفة الإسلامية في ١٩٤٠، وبعد عودته عمل مدرسا لعلم النفس بكلية اللغة العربية بجامعة الأزهر. ثم عميدا لكلية أصول الدين. ثم أمينا لمجمع البحوث الإسلامية. ثم وكيلا للأزهر فوزيرا للأوقاف.
تولى مشيخة الأزهر في ٢٧ مارس ١٩٧٣،وما كاد يقوم بأعباء منصبه حتى صدر قرار السادات في ٧ يوليو ١٩٧٤ الذي يقلص اختصاصات الأزهر وشيخه فاستقال الإمام، ورفع أحد المحامين دعوى أمام محكمة القضاء الإدارى ضد السادات ووزير الأوقاف واضطر السادات للرجوع عن قراره إلى أن لقى ربه «زي النهارده» في ١٧ أكتوبر ١٩٧٨.