إيمانا من «المصرى اليوم» بأهمية الصحافة الاستقصائية ودورها فى كشف قضايا الفساد ومواطن الخلل فى المجتمع، قامت الجريدة بتأسيس وحدة للتحقيقات الاستقصائية برئاسة الزميل علاء الغطريفى، قامت من خلالها بنشر عدد كبير من التحقيقات الاستقصائية فى مجالات مختلفة، كشفت فيها المناطق الرمادية والسوداء فى الأداء السياسى والتنفيذى للحكومة وممارسات النظام السابق.
وقامت «المصرى اليوم» بنشر أول تحقيق استقصائى لها عام 2009 تحت عنوان «موظفون فى الصحة يهرّبون النفايات الطبية الخطرة إلى ورش تصنيع الأطباق وعلب الزبادى» قامت به الزميلتان هبة عبدالحميد وولاء نبيل، وحصلتا من خلاله على جائزة دبى للصحافة العربية.
وفى العام نفسه نشرت الجريدة تحقيقا بعنوان «المصرى اليوم» تجرى أول تحقيق استقصائى يثبت تلوث مياه النيل من خلال أحد المجمعات الصناعية فى الحوامدية، وحصل بعدها الزميلان هشام علام ودارين فرغلى اللذان قاما بإجراء التحقيق على جائزة أريج الدولية للصحافة الاستقصائية عام 2009، وفى العام التالى حصل الزميلان على جائزة دبى للصحافة العربية عن التحقيق نفسه، كما حصل الزميلان على زلط وسماح عبد العاطى فى العام ذاته على جائزة دبى للصحافة العربية فى فئة الصحافة الاستقصائية.
وقبل أيام من نهاية عام 2011 توجت الوحدة مسيرتها بـ3 جوائز دولية أخرى فى المسابقة السنوية التى تجريها شبكة «أريج» والمركز الدولى للصحفيين، بفوز الزميلتين مروى ياسين ومها البهنساوى بالمركز الأول عن تحقيقهما الاستقصائى، كما حصل الزميلان على زلط ومحمد الخولى على جائزة المركز الثالث عن تحقيقهما: ملابـس مسرطنة فى أســـواق مصـــر، أما الجائزة الكبرى فى المسابقة والتى أطلق عليها هذا العام جائزة الربيع العربى فحصل عليها الزميلان هشام علام وأحمد رجب. وحصل الزميلان عبدالرحمن شلبى وعلى زلط على شهادة تقدير عن تحقيقهما: «حسين سالم مازال يمتلك ٢٨% من شركة تصدير الغاز إلى إسرائيل»، كما قامت مؤسسة «أريج» الدولية للصحافة الاستقصائية بتكريم الزميل علاء الغطريفى، رئيس الوحدة الاستقصائية ورئيس قسم التحقيقات بالجريدة، كأفضل رئيس لوحدة استقصائية فى الوطن العربى، واعتبرت ما تقوم به الوحدة هو مثال للمنهجية الاستقصائية فى كشف قضايا الفساد. من جانبها اعتبرت داليا الجنيدى، مديرة الموارد البشرية فى «المصرى اليوم»، حصول الوحدة الاستقصائية على 8 جوائز دولية فى ثلاثة أعوام متتالية هو حصاد جهد استمر 5 سنوات متتالية، جاء من إيمان الجريدة بأن الصحفيين هم استثمارها الحقيقى، ولذا اهتمت بالتدريب والتطوير.