اتهمت جماعة «الإخوان المسلمين»، المجلس الأعلى للقوات المسلحة بأنه المسؤول الأول عن أحداث التحرير، وطالبته بإيقاف «القتل والعدوان» على المتظاهرين فى كل الميادين فورا دون إبطاء، وسحب كل الآليات والجنود من هذه الميادين.
وطالبت الجماعة في بيان لها عقب اجتماع طارئ لمكتب الإرشاد، الإثنين، المجلس العسكرى بإصدار جدول زمني محدد لتسليم الحكم لسلطة مدنية منتخبة في موعد غايته منتصف 2012، والتعهد بإقالة حكومة الدكتور عصام شرف، والتى اعتبرتها المسؤولة الثانية عن الأحداث الدامية فور الانتهاء من الانتخابات البرلمانية.
ودعت الجماعة فى بيانها المجلس العسكرى بتحويل المسؤولين عن عمليات القتل والاعتداء على المتظاهرين والمعتصمين إلى التحقيق الفوري، واحترام الحقوق الدستورية للشعب في حرية التعبير والتظاهر والاعتصام السلمي.
وقال البيان إن «بعد أحداث السبت الماضى التي اعتدت فيها قوات الأمن المركزي اعتداء وحشيا على الشباب المعتصمين في ميدان التحرير وعلى ضحايا ثورة 25 يناير، وقتلت شابا في القاهرة وأصابت ما يزيد على خمسمائة آخرين، فوجئنا يوم الأحد بحملة أشد وحشية وضراوة شارك فيها الأمن المركزي والشرطة العسكرية قتلت ما يزيد على 20 شخصا، وأصابت المئات وهاجمت المستشفى الميداني وأحرقت ممتلكات الشباب في مشاهد مرعبة شاهدها الشعب على الشاشات، منها سحب جثث الشهداء على الأرض وإلقائها على القمامة».
ووصف البيان ما حدث فى التحرير بأنه «إجرام ينبئ عن رغبة دفينة في محاولة استدراج المخلصين في كل مكان لسحقهم وإشاعة الفوضى وإثارة الرعب لدى جموع الشعب، بغية التهرب من الاستحقاقات الديمقراطية، ويثبت أن هناك أطرافا عديدة ليس لديها مانع من إحراق البلاد وقتل الشباب من أجل إدخال الشعب بيت الطاعة من جديد حيث الاستبداد والفساد والاستعباد».