كان نظام الامتيازات الأجنبية بدءا من ١٥٣٥ أعطى للأجانب في الولايات العثمانية ومنها مصر الحق في محاكمتهم في محاكم خاصة وليس أمام المحاكم المصرية، وكان حال المسيحيين الأجانب أفضل بكثير من حال المسيحيين المصريين.
وكان للحكام العثمانيين أحكام جائرة وعنصرية الطابع ضد غير المسلمين، مثل حرمان غير المسلمين من ركوب الخيل وإجبارهم على السير يسار الطريق وعدم لبس عمائم على الرأس وعدم لبس ملابس ملونة بغير الأسود وغير ذلك.
وفي عام ١٧١٨ استطاع الأنبا بطرس السادس «بابا الإسكندرية»، ورئيس الطائفة الأرثوذكسية في مصر، أن يقنع السلطان العثمانى باتباع قانون خاص بالأحوال الشخصية لغير المسلمين، وفى فترة حكم محمد على باشا تم إلغاء كل الأحكام العثمانية ضد أقباط مصر وسمح لهم ببناء كنائس جديدة والانخراط في الجيش وتعيينهم باكوات فيه، ووصل بعضهم إلى ما يعادل منصب وزير المالية.
وفى فترة حكم سعيد باشا أضاف لقرارات جده ما هو لصالح الأقباط، منها إلغاء الجزية في ديسمبر ١٨٥٥، و«زي النهارده» في ١٨ فبراير ١٨٥٦، وبعد أن ساعدت إنجلترا وفرنسا السلطان العثمانى عبدالمجيد الأول في حربه ضد روسيا قرر إصدار قانون تضمن إصلاحات سمى بالخط الهمايونى، وكان مما جاء فيه: المساواة بين كل مواطنى الدولة العثمانية في الحقوق والواجبات وإعفاء الكنائس من الضرائب وتشكيل مجلس مكون من رجال الكنيسة «كهنة أو رهباناً» ورجال من خارج الكنيسة «غير الرهبان والكهنة» لإدارة شؤون الملة، والمعروف باسم المجلس الملى العام، وأن التعيين في مناصب الدولة للكفاءة دون تمييز دينى.