في ٦ أبريل ١٩٩٤ أسقطت طائرة كان على متنها الرئيس الرواندي، جوفينال هابياريمانا، الذي ينتمي إلى قبائل الهوتو، وعلى أثر هذا الحادث الغامض بدأت مذابح في رواندا جاءت في شكل إبادة جماعية أودت بحياة ٨٠٠ ألف شخص، واستمر القتل لمدة ١٠٠ يوم، قبل أن يتمكن جيش المتمردين، الذي يسيطر عليه التوتسى، من السيطرة على الموقف، وثار جدل قوى حول من المسؤول عن إسقاط الطائرة.
وقد أدانت محكمة مجرمى الحرب «فى أروشا بتنزانيا» كلاً من الكولونيل ثينوسيت باجوسورا، القائد السابق للجيش الحكومي، وأناتولي نسيجموفا وألويز نتابكوزى، القائدين بالجيش، بتهمة ارتكابهما المذابح ضد أقلية التوتسى والمعتدلين من الهوتو، وفى ٢٠٠٦ استصدر قاض فرنسى أوامر دولية باعتقال ٩ من مساعدى الرئيس الرواندى بول كاجامى لاتهامهم بالضلوع في إسقاط طائرة رئيس رواندا السابق في ١٩٩٤، مما أفضى لارتكاب مجازر في رواندا.
وقد نفى الرئيس الرواندى بول كاجامى هذه الاتهامات، واتهم فرنسا بأنها دربت وسلحت ميليشيات الهوتو، التي نفذت المذابح، وتم احتجاز ثينوسيت باجوسورا في ١٩٩٦، لدى المحكمة التابعة للأمم المتحدة بعد القبض عليه في الكاميرون، وأفادت تقارير بأنه العقل المدبر للمذابح، حيث تولى زمام الأمور السياسية والعسكرية بعد مقتل الرئيس هابياريمانا، و«زي النهارده» في ١٨ ديسمبر ٢٠٠٨ قضت محكمة جرائم الحرب في رواندا بالسجن مدى الحياة على ثلاثة من كبار الضباط السابقين في الجيش الرواندى بعد إدانتهم بارتكاب جرائم إبادة جماعية، ورفضت دفوع المحامين في حين برأت المحكمة جراتين كابليجى، القائد السابق للعمليات بالجيش واثنين آخرين