أكد التقرير أن المجلس اهتم بزيارة السجون لتفقد الأحوال بها ومدى تمتع نزلائها بحقوقهم المنصوص عليها فى القوانين واللوائح، كما تعاون المجلس مع وزارة الداخلية فى تعديل لائحة السجون لتتضمن بعض المزايا التى تساعد النزلاء على إقامة أفضل حالاً. وتم خلال فترة نشاط المجلس من 2013 لـ2017 زيارة السجون ومراكز احتجاز الأحداث والأماكن المخصصة للاحتجاز بأقسام الشرطة، بهدف تفقد أوضاع السجون ومدى اتساقها مع المعايير الوطنية والدولية، وبالمثل معاملة السجناء وغيرهم من المحتجزين.
وأفاد التقرير بأن أهم ملاحظات المجلس وتوصياته فى هذا الشأن شملت: تكدس أقسام الشرطة بأعداد من المحتجزين تفوق طاقتها الاستعابية بنحو 3 أضعافها، بسبب التوسع الشديد فى الحبس الاحتياطى وتمديده المتكرر فى سياق تكدس القضايا بسبب مواجهة إجراءات الموجة الإرهابية التى تتعرض لها البلاد، وبطء الفصل فى القضايا المختلفة التى تتعلق بنظامى الرئيس السابق والأسبق، وقد أدت هذه الظاهرة إلى معاناة شديدة للمحتجزين ووفاة العشرات من المعتلين صحياً.
وأشار التقرير إلى أن وزارة الداخلية شرعت فى تركيب أجهزة تكييف فى أماكن الاحتجاز المكتظة لحل هذه المشكلة، كما شرعت فى بناء سجون جديدة لكن لا تزال المشكلة قائمة، وإن خفّت حدتها، مؤكداً أن المجلس يُلح عبر كل تقاريره وحواراته مع مسؤولى الدولة على ضرورة مراجعة نظام الحبس الاحتياطى الراهن والنظر فى بدائل له.
ولاحظ التقرير فى تلك الفترة تكدس السجون بما يفوق طاقتها الاستعابية مرة ونصف المرة، ونقص الفراش «مرتبة النوم» والأغطية والتضييق فى تصاريح الزيارات ومدتها، وقَصر ساعات التريض على ساعة واحدة فى اليوم، وأثار المجلس هذه الإشكاليات لدى المستشار عدلى منصور رئيس الجمهورية خلال الفترة الانتقالية، فى حضور وزير الداخلية وأحد كبار مسؤولى الوزارة، ووجه الرئيس بتعاون الوزارة مع المجلس ووضع لائحة جديدة للسجون تراعى الموضوعات التى أثارها المجلس، وهو ما تم بالفعل، فصدرت لائحة السجون بتاريخ سبتمبر 2014 متضمنة ملاحظات المجلس وغيرها من التحسينات لصالح السجناء.
وفى الوقت نفسه، لم تخل وقائع المتابعات من جرائم تعذيب فى حق محتجزين، أفضى بعضها إلى وفاة المحتجزين، ولاحظ المجلس اتخاذ الإجراءات القانونية الواجبة تجاه مثل هذه الممارسات وتقديم المسؤولين عنها إلى المحاكمات.
وتناول التقرير زيارات المجلس لبعض المستشفيات، مؤكداً أن اللجنة التى شكلها المجلس وقامت بتلك الزيارات أعربت عن تقديرها للجوانب الإيجابية التى لمستها بنفسها فى كل الزيارات التى أتمتها، وتم إدراجها تفصيلاً بالتقرير السنوى للمجلس، كما أوصت بضرورة تقديم الدعم اللازم لمراكز الأورام الموجودة بكل المحافظات والمزمع افتتاحها حتى تتمكن من تقديم الخدمة العلاجية للمرضى.
ونبه التقرير إلى أنه بشأن اللجنة الوطنية المشكلة لفحص ومراجعة مواقف الشباب المحبوسين والمحكوم عليهم، تمهيداً للعفو الرئاسى، فإن المجلس أعلن تشكيل فريق عمل يتلقى طلبات العفو عن الشباب ويتولى إرسالها إلى لجنة العفو الرئاسى، تتضمن البيانات الكاملة للمطلوب العفو عنهم، بعد تدقيقها والتأكد من استيفائها المعايير المطلوبة والبيانات الواجب توافرها.
وبلغت الالتماسات التى تلقاها المجلس خلال فترة التقرير 3633 طلباً، تم تقسيمها إلى قائمتين: الأولى خاصة بالحبس الاحتياطى، وضمت 2054 طلباً، والثانية للمحكوم عليهم بأحكام نهائية أو باتة وضمت 1579 طلباً تم إرسالها للجنة العفو، مطالباً بأن تشمل قوائم العفو المتتالية الأسماء التى أرسلها إلى لجنة العفو، خاصة أنها تمثل حالات قاسية لأسر تعانى من حبس أبنائها الذين يشكلون أغلبية من طلاب الجامعات حرصاً على مستقبلهم.