دشن البابا تواضروس الثاني، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، كنيسة أبي سيفين بعد ترميمها، ويرجع تاريخ إنشاء الكنيسة إلى أوائل القرن الخامس الميلادي، وكانت مقراً للكرسي البابوي من منتصف القرن الحادي عشر في عصر البابا خرستوذولو، البابا ٦٦، حتى أوائل القرن الرابع عشر في عهد البابا يوحنا البابا ٨٠ ودفن بها١٠ من الآباء البطاركة بالإضافة إلى العديد من المطارنة والأساقفة بأرضية الهيكل الأوسط له.