قال أيمن الظواهري، الرجل الثاني في تنظيم القاعدة، في رسالة منشورة على شبكة الإنترنت، الخميس، إن زعيم القاعدة أسامة بن لادن طلب منه تذكير «المجاهدين» بأن يتفادوا الهجمات على أهداف مدنية.
واعتبر الظواهري أن حادث التفجير الذي وقع في كنيسة القديسين بالإسكندرية كان سببه «تجاوزات الكنيسة القبطية الأرثوذكسية وتغولها وتحولها لحكومة داخل الحكومة، أو إن شئت التدقيق حكومة فوق الحكومة».
وقال الظواهري في تسجيل صوتي: «هناك بعض العمليات التي تنسب إلى المجاهدين حقاً أو زوراً التي يتم فيها الاعتداء على المسلمين في مساجدهم أو أسواقهم أو تجمعاتهم.. أقول بغض النظر عن صحة أو زيف نسبة العمليات للمجاهدين فإني وإخواني في جماعة قاعدة الجهاد نبرأ إلى الله من هذه العمليات ونستنكرها سواء كان من ارتكبها المجاهدين أو غيرهم».
وتابع الظواهري في رسالته: «لقد كلفني الشيخ أسامة بن لادن حفظه الله مجددا أن أؤكد على هذا الأمر، ولذا فإني أنصح كل مجاهد أن يراعي أحكام الشريعة ومصلحة المسلمين قبل الشروع في أي عملية جهادية، وأن يحرص كل الحرص في تخطيطه لأي عملية أن يتجنب إصابة من لا تحل إصابته سواء كان مسلماً أو غير مسلم إلا ما وقع خطأ رغما عنه».