سافر نابليون إلى فرنسا سراً بعد فشلة في حصار عكا تاركاً كليبر قائداً للحملة على مصر التي صارت في مهب المخاطر ومنها خطر البريطانيين والمماليك والعثمانيين، وعلى خلفية هذا النزاع المتعدد على مصر انتهز المصريون الفرصة للخلاص من الفرنسيين، فكانت ثورة القاهرة الثانية التي اندلعت «زي النهارده» في ٢٠ مارس ١٨٠٠ حيث هاجموا معسكرات الجيش الفرنسى، ورغم أن أهل بولاق لم يساهموا بوضوح في ثورة القاهرة الأولى في أكتوبر ١٧٩٨ إلا أنهم هم الذين فجروا ثورة القاهرة الثانية بقيادة مصطفى البشتيلى وهو من أعيان بولاق.
كما لعب أعيان القاهرة وتجارها وكبار مشايخها دوراً كبيراً فخرج عمرمكرم نقيب الأشراف وأحمد المحروقى كبير التجار على رأس الثوار، فلما عاد كليبر للقاهرة بعد انتصاره على العثمانيين في عين شمس وجد الثورة مشتعلة وتحولت الكثير من الأماكن إلى حصون وقلاع، فقرر القضاء على ثورة القاهرة حتى ولو اضطر إلى إحراق القاهرةوفى ١٤ أبريل ١٨٠٠ بدأ هجومه على بولاق وأخذ يضـربه بالمدافع، وكانت مداخل الحى مُحصنة والثوار مُتحصنين خلف المتاريس وقاموا بإطلاق النار ولكن المدفعية الفرنسية كانت أقوى وأضرموا النار في مبانى الحى، ومات العشرات، واضطر المشايخ والعلماء للتوسط حقنا للدماء فاتهمهم الثواربالخيانة وشتموهم وضربوهم ورموا عمائمهم لكن العلماء واصلوا مساعيهم لحقن الدماء إلى أن تم التوصل لاتفاق في ٢١ أبريل ١٨٠٠ مقابل العفو عن سكان القاهرة والثوار أيضا.