عقب تولى المستشار طلعت عبدالله، النائب العام الأسبق، منصبه أصدر قرارًا بتشكيل فريق تحقيق يضم عددًا من رؤساء ووكلاء النيابة، يترأسهم محام عام للتحقيق، أطلق على هذا الفريق فيما بعد اسم «نيابة الثورة»، لأنها أُنشئت بهدف إعادة التحقيق فى الجرائم المتعلقة بقتل وإصابة الثوار أو الاعتداء عليهم وإخفاء المعلومات أو الأدلة التى من شأنها تمكين جهات التحقيق من الوصول إلى مرتكبى تلك الجرائم وتقديم كل الأدلة لتحقيق العدالة.
وسبق إنشاء نيابة الثورة صدور قرار من الرئيس المعزول، محمد مرسى، فى 6 يوليو 2012 بتشكيل لجنة لجمع المعلومات والأدلة وتقصى الحقائق، بشأن وقائع قتل والشروع فى قتل، وإصابة المتظاهرين السلميين بكل أنحاء الجمهورية فى الفترة من 25 يناير 2011 حتى 30 يونيو 2012، وكان فى نص القرار أن تضم اللجنة 6 من ممثلى أسر الشهداء والمصابين، وشباب الثورة، كأعضاء مراقبين، وهم على حسن على، وعلى السيد محمد الجنيدى، ورمضان أحمد عبده، وسليمان حسن محمد، وأحمد راغب، ورندا سامى محمد.
وفى ذلك الوقت، خصصت مكاتب بمبنى النيابة العامة بالقاهرة الجديدة وأشرف عليها المستشار عمرو فوزى كمحامٍ عام للنيابة.
وتولت نيابة الثورة فى بداية عملها إعادة التحقيق فى قضية القرن المتهم فيها مبارك ونجلاه وحبيب العادلى، وزير الداخلية الأسبق، واستمعت النيابة إلى أحمد نظيف، رئيس الوزراء الأسبق، وأنس الفقى، وغيرهم من رموز نظام مبارك، لاستكمال التحقيقات فى القضية والوصول إلى الأدلة.
وقدمت النيابة أدلة جديدة فى القضية، حيث أكدت التحقيقات وجود قناصين بوزارة الداخلية وأسلحة وذخيرة خاصة بهم، وقدمت للمحكمة شهادة اللواء أحمد البغدادى، وكيل إدارة إمداد الشرطة للأسلحة، والتى قال فيها إنه وفقًا للقرار الوزارى رقم 11743 لسنة 97 فإن بنادق القنص المزودة بأجهزة تنشين ورؤية ليلية تخصص لسرايا الدعم بالأمن المركزى وإن لديها منها 369 بندقية، كما أن قطاع مباحث أمن الدولة وإدارة الأمن بمكتب وزير الداخلية لديه أيضاً 64 بندقية.
وفور إنشاء النيابة والإعلان عنها أعلن عدد من القوى الثورية رفضها تشكيلها، واصفين تلك النيابة بـ«نيابة حماية مرسى والإخوان» قبل ذكرى الثورة، وطالبت القوى باستقالة النائب العام من منصبه لأن رئيس السلطة التنفيذية هو الذى أتى به، لتتصاعد حالة الغضب والاحتجاج ضد هذه النيابة، الأمر الذى أصدر معه المستشار هشام بركات، النائب العام الشهيد، عقب توليه مهام منصبه قراراً بتجميد عمل نيابة الثورة وإسناد كل القضايا التى كانت منظورة أمامها إلى النيابة العامة. وتعالت وقتها المبرات بأن قرار التجميد صدر بسبب تداخل اختصاص هذه النيابة مع اختصاصات النيابة العامة، وأنه لم تكن هناك حاجة لإنشائها.