إثر حادث المنشية كانت أولى المحاكمات التي تعرض لها الإخوان، منذ نشأة جماعة الإخوان في ١٩٢٨، فبين أواخر نوفمبر وأوائل ديسمبر ١٩٥٤ جرت وقائع أول محاكمة للإخوان المسلمين عقب تعرض الرئيس عبدالناصر لمحاولة اغتيال في حادث المنشية الشهير بالإسكندرية واتهام السلطة للجماعة بالوقوف وراءها.
وبدأت القضية في ٩-١١-١٩٥٤ بإلقاء القبض على العديد من عناصر جماعة الإخوان المسلمين، صدر ضدهم جميعا أحكام بالسجن، بدأت من عشر سنوات إلى الأشغال الشاقة المؤبدة، إلا أن أبرز الأحكام كانت الإعدام بحق ٧ من قيادات الجماعة؛ هم: محمود عبداللطيف، يوسف طلعت، إبراهيم الطيب، هنداوى دوير، محمد فرغلى، عبدالقادر عودة، المرشد العام وقتها حسن الهضيبي الذي خفف عنه الحكم لاحقا إلى الأشغال الشاقة المؤبدة ونظرت القضية أمام ما سمى آنذاك بمحكمة الشعب ذات الطبيعة العسكرية برئاسة صلاح سالم وعضوية كل من حسين الشافعى وأنور السادات.
وأصدرت أحكامها «زي النهارده» في ٤ ديسمبر ١٩٥٤ أي بعد أقل من شهر على بدء القضية التي نال فيها محمد مهدى عاكف المرشد العام السابق للجماعة حكما بالسجن المؤبد مع الأشغال الشاقة قضى منها ٢٠ عاما، قبل أن يتم الإفراج عنه عام ١٩٧٤ في عهد الرئيس السادات ولم تكن هذه هي المحاكمة الوحيدة التي تعرض لها الإخوان في عهد عبدالناصر وإنما كانت هناك محاكمة أخرى جرت وقائعها في عام ١٩٦٥والتى اتهم فيها مئات الإخوان بمحاولة إعادة إحياء التنظيم، وكان في مقدمتهم المفكر الإسلامى الشهير سيد قطب الذي حكم عليه بالإعدام هو ويوسف هواش وعبدالفتاح إسماعيل، وتم تنفيذ الحكم بحقهم الصادر من محكمة عسكرية عام ١٩٦٦.
كما حكم بالإعدام على سبعة آخرين خفف عنهم الحكم إلى المؤبد، كما صدرت أحكام بحق باقى المتهمين، بدأت من عشر سنوات حتى الأشغال الشاقة المؤبدة، غير أن نشاط الجماعة الذي اختلطت فيه الدعوة بالسياسة قد دفع بعدد من قياداتهم وكوادرهم المهمين إلى السجون حتى قبل عهد عبدالناصر، إذ كانوا ندا دينيا وسياسيا للنظام منذ محاولة دخول البنا البرلمان، مرورا بمشاركتهم في حرب فلسطين ومن بعدها الاغتيالات التي قام بها نظامهم السرى كاغتيال الخازندار والنقراشى، وقد تعرض الإخوان بعد اغتياله لحملة اعتقالات واسعة، أما في عهد الرئيس السادات فقد كان هناك ما يصفه الخبراء بـ«شهر عسل» بين الإخوان والنظام، غير أن الملاحقات والمحاكمات تجددت وتعددت بدءا من عام ١٩٩٥.