اختلف خبراء فى شؤون الجماعات الإسلامية حول تورط تنظيم القاعدة أو أى جماعة إسلامية فى حادث كنيسة القديسين بالإسكندرية، ففيما أكد فريق ضلوع «القاعدة» فى الحادث الإرهابى، رأى فريق آخر أن الموساد وراء الحادث.
قال منتصر الزيات، محامى الجماعات الإسلامية: «استخدام الجماعات الإسلامية للعنف وارد، ولكن أعتقد أنها لن تصل إلى هذه المرحلة من العنف الذى نرفضه ونستنكره بشدة»، وأضاف: «أرفض مبدأ المؤامرة، ولكن الأمر يختلف فى مسألة الوحدة الوطنية، فلدىّ اعتقاد كبير بأن الحادث وراءه أياد خارجية تريد العبث فى ملف الوحدة الوطنية». ودلل «الزيات» على ضلوع إسرائيل فى الحادث بظهور الجاسوس المصرى الأخير، الذى كشفت التحقيقات أنه كان يريد تجنيد أعضاء من الجماعات الإسلامية لكى تقوم بأحداث عنف داخلى.
فيما أكد الدكتور ضياء رشوان، الخبير بمركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية، أن الاحترافية فى طريقة تنفيذ العملية التفجيرية التى وقعت بكنيسة القديسين بالإسكندرية، والتى أدت إلى وقوع هذا الكم الكبير من القتلى والمصابين وكمية المواد المتفجرة المستخدمة - تؤكد أن هذا الأسلوب من أساليب تنظيم القاعدة.
وقال الدكتور عمار على حسن، المتخصص فى شؤون الحركات الإسلامية: «مع إمعان النظر فيما جرى يمكن أن يقودنا الحادث إلى تفسيرات أخرى، على رأسها تطبيق المؤامرة الصهيونية ضد الوحدة الوطنية فى مصر، حسبما كشفت تقارير أخيرة».