احتلت جامعة الزقازيق الترتيب رقم 594 عالميا والسابعة مصريا وفقا لتقرير SCIMAGO INSTITUTIONAL RANKINGS لعام 2016، والمبني على قاعدة بيانات SCOUPS الخاص بتقييم البحث العلمي في مؤسسات التعليم العالي وعددها 5147 مؤسسة.
وقال الدكتور خالد عبدالباري، رئيس جامعة الزقازيق، إن التقييم تم بناء على عدد الأبحاث الدولية المنشورة في مجلات دولية مفهرسة، وعدد الإشارات المرجعية لتلك الأبحاث، والعديد من العوامل الأخرى التي تقيس كفاءة البحث العلمي في مؤسسات التعليم العالي.