ولد الشيخ خليفة بن زايد آل نهيان في مدينة العين بإمارة أبوظبي، وفي ١٩٤٨، وهو ابن حاكم الإمارات السابق، الشيخ زايد آل نهيان والشيخة حصة بنت محمد بن خليفة، والشيخ خليفة هو أكبر إخوته وكان ملازماً لوالده الشيخ زايد.
تلقى تعليمه الأساسى في مدينة العين في المدرسة النهيانية، وكان قد تقلد عددا من المناصب، ففي ١٨سبتمبر ١٩٦٦ شغل منصب ممثل حاكم أبوظبي في المنطقة الشرقية، ورئيس المحاكم فيها، وفي ١ فبراير ١٩٦٩ عين والياً لعهد أبوظبي كبرى الإمارات السبع في دولة الإمارات العربيةالمتحدة.
وفي ٢ فبراير ١٩٦٩ تولى رئاسة دائرة الدفاع في أبوظبى مع نشأة قوة دفاع إمارة أبوظبى، التي أصبحت نواة لجيش الإمارات العربية المتحدة، وفي ١ يوليو ١٩٧١شغل منصب، رئيس مجلس وزراء إمارة أبوظبى، كما تولى وزارة الدفاع والمالية وبعد قيام دولة الإمارات العربية المتحدة في ديسمبر ١٩٧١ وتشكيل مجلس وزراء اتحادى أسند إليه منصب نائب رئيس مجلس الوزراء.
وفي ٢٠ فبراير ١٩٧٤ تولى رئاسة المجلس التنفيذى لإمارة أبوظبى. وفي مايو ١٩٧٦ عين نائباً للقائد الأعلى للقوات المسلحة لدولة الإمارات، كما ترأس المجلس الأعلى للبترول، وتولى رئاسة مجلس إدارة صندوق النقد العربى ورئاسة مجلس إدارة جهاز أبوظبى للاستثمار، كما شغل منصب ممثل دولة الإمارات في الهيئة العربية للتصنيع الحربي، وكان وراء إنشاء دائرة الخدمات الاجتماعية والمبانى التجارية، التي تتولى مساعدة مواطنى أبوظبى.
وكان المجلس الأعلى للاتحاد برئاسة الشيخ مكتوم بن راشد آل مكتوم في دولة الإمارات العربية المتحدة قد انتخبه حاكماً للإمارات «زي النهاردة» في٣ نوفمبر ٢٠٠٤ خلفاً لوالده الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان، الذي توفي، ومن هوايات الشيخ خليفة متابعة سباقات الهجن، كما أنه قارئ للتاريخ والشعر ويجمع مجلسه الكثيرمن المفكرين والأدباء والشعراء، كما يحرص على متابعة النشاط الرياضى باستمراروله إسهامات مادية كبيرة لدعم الفرق والأندية الرياضية. فضلاً عن منتخبات الإمارات في الألعاب الرياضية المختلفة غير إسهاماته لدعم أنشطة الدعوة الإسلامية والحرص على إنشاء ودعم المراكز الإسلامية، ويقدم لها المساعدات.
وله تبرعات لمساجد ومراكز إسلامية في أوروبا أيضاً والشيخ خليفة متزوج من الشيخة شمسة بنت سهيل بن حمد المزروعي، ولم يتزوج غيرها، ورزق منها بالشيخ سلطان والشيخ محمد والشيخة شيخة والشيخة موزة والشيخة عوشة والشيخة سلامة والشيخة شما والشيخة لطيفة والشيخة شمسة والشيخة مريم.