كانت مساحة الأزهروقت إنشائه تعادل نصف مساحته الحالية، ثم لحقت به إضافات فمثلا لم تتوقف العمارة فيه في عهد المماليك والمماليك الجراكسة، ومنهم السلطان قايتباي المحمودي ثم السلطان قنصوة الغوري، الذي قام ببناء المئذنة ذات الرأسين، وكانت أكبر عمارة أجريت للجامع الأزهر هي ما قام بها عبدالرحمن بن كتخدا، كما عنى به الخديو عباس حلمي الثانى فجدد فيه كثيرا وأضاف الرواق العباسى.
وقد قام الأزهر برسالته العلمية ودوره التعليمي عقب الانتهاء من بنائه بسنوات قليلة، ففى أكتوبر ٩٧٥ عقد أول درس علمي حين جلس قاضي القضاة أبوالحسن علي بن النعمان وقرأ على الناس مختصر أبيه في فقه آل البيت، فكانت أول حلقة علمية بالجامع الأزهر، ثم قام الوزير يعقوب بن كلس الفاطمي بتعيين جماعة من الفقهاء للتدريس بالأزهر، وجعل لهم رواتب مجزية، وأنشأ لهم دورًا للسكنى بالقرب منه.
وفي العصر الأيوبي، عمد الأيوبيون إلى إلغاء المذهب الشيعي غير أن الأزهر استرد عافيته في العصر المملوكى ولم يعرف الأزهر منصب شيخ الأزهر إلا في العهد العثماني فكان للأزهر ناظر يتولى شؤونه المالية والإدارية فقط، وكان أول من تقلد المشيخة هو الشيخ محمد بن عبدالله الخرشي المالكى المتوفي في ١٦٩٠ وكانت هناك دعوات إصلاحية متعاقبة لشؤون الأزهر وتطوير مناهجه وتعاقبت القوانين في عهود الخديو إسماعيل والخديوعباس حلمى الثاني، وقد صدر القانون رقم ١ لسنة ١٩١١ وذلك في أثناء المشيخة الثانية للإمام سليم البشري والذي قضى بإنشاء هيئة كبار العلماء.
وفي عهد عبدالناصر صدر القانون ١٠٣ في يوليو ١٩٦١، والذي أصبح الأزهربمقتضاه جامعة كبرى بها كليات مدنية، وشمل القانون إنشاء مجلس أعلى للأزهر يترأسه شيخ الأزهر وإنشاء مجمع البحوث الإسلامية بديلا عن جماعة كبار العلماء.
لقد كان الجامع الأزهر أول عمل معمارى أقامه الفاطميون في مصر وأول مسجد أنشئ في مدينة القاهرة وقد بدأ جوهر الصقلى إنشاءه في ٤ من أبريل ٩٧٠ وافتتح للصلاة في السابع من رمضان ٣٦١ هـ «زي النهارده» في 22 يونيو 972 وقد عرف منذ إنشائه باسم «جامع القاهرة» إلى أن تغير إلى «الأزهر» وهناك روايات مختلفة منها ما يقول إن اسمه مشتق من لقب السيدة فاطمة الزهراء.