كشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة في قضية التخابر المتهم فيها مرسى و36 من قيادات الجماعة عن تنفيذ التنظيم الدولى للإخوان أعمال عنف إرهابية داخل مصر، بغية إشاعة الفوضى العارمة بها، وأعد مخططا إرهابيا كان من ضمن بنوده تحالف قيادات جماعة الإخوان المسلمين بمصر مع بعض المنظمات الأجنبية، وهى حركة المقاومة الإسلامية «حماس» الذراع العسكرية للتنظيم الدولى للإخوان، وحزب الله اللبنانى وثيق الصلة بالحرس الثورى الإيرانى، وتنظيمات أخرى داخل وخارج البلاد، تعتنق الأفكار التكفيرية المتطرفة، وتقوم بتهريب السلاح من جهة الحدود الغربية عبر الدروب الصحراوية.
وأفادت التحقيقات بوجود تدبير لوسائل تسلل لعناصر من جماعة الإخوان إلى قطاع غزة عبر الأنفاق السرية، وذلك بمساعدة عناصر من حركة حماس لتلقى التدريب العسكرى وفنون القتال واستخدام السلاح على يد عناصر من حزب الله اللبنانى والحرس الثورى الإيرانى، ثم إعادة تلك العناصر، بالإضافة إلى آخرين ينتمون إلى تلك التنظيمات إلى داخل البلاد.
وأظهرت التحقيقات أن المتهمين اتحدوا مع عناصر أخرى تابعة للجماعات التكفيرية المتواجدة بسيناء، لتنفيذ ما تم التدريب عليه، وتأهيل عناصر أخرى من الجماعة إعلاميا بتلقى دورات خارج البلاد في كيفية إطلاق الشائعات وتوجيه الرأى العام لخدمة أغراض التنظيم الدولى للإخوان، وفتح قنوات اتصال مع الغرب عن طريق دولتى قطر وتركيا.
وأوضحت التحقيقات أن التنظيم الدولى وعددا من البلاد الأجنبية دعما قيادات جماعة الإخوان بمصر، بتحويل الأموال اللازمة لهم لتنفيذ المخطط الإجرامى وخلق الفوضى بالبلاد، حيث بدأ ذلك المخطط عام 2005 واستكملت حلقاته إبان ثورة يناير 2011 لاستغلال الأحداث الجارية بالبلاد، إذ تم الاعتداء بالأسلحة النارية على قوات الأمن والمواطنين في أنحاء متفرقة إمعانا في تكريس حالة الفوضى، وإضرارا بالأمن القومى المصرى.
وبينت التحقيقات أن المتهمين قاموا برصد المنشآت الأمنية بشمال سيناء، تمهيدا لفرض السيطرة عليها وإعلانها إمارة إسلامية في حالة عدم إعلان فوز المتهم محمد مرسى العياط في الانتخابات الرئاسية.
وثبت بالتحقيقات أن المتهمين عصام الحداد وأحمد عبدالعاطى ومحمد رفاعة الطهطاوى وأسعد الشيخة ومحيى حامد، خلال فترة عملهم برئاسة الجمهورية، قاموا بإفشاء العديد من التقارير السرية الخاصة بهيئة الأمن القومى والمخصصة للعرض على رئيس الجمهورية، بتسريبها لقيادات التنظيم الدولى بالخارج، وقيادات الحرس الثورى الإيرانى، وحركة حماس، وحزب الله اللبنانى، كمكافأة على تنفيذ تلك العمليات الإرهابية، وما قدمته تلك التنظيمات من مساعدات لصالح جماعة الإخوان بمصر حتى تولت مقاليد السلطة. وجاء بالتحقيقات أن عددا من تلك التقارير السرية، تم تسريبها عبر البريد الإلكترونى الخاص برئاسة الجمهورية، وبعلم المتهم محمد مرسى، على نحو ترتب عليه الإضرار بالأمن القومى المصرى.
وأوضحت أنه في أعقاب عزل محمد مرسى من منصبه، وتغير المشهد السياسى، سارعت جماعة الإخوان المسلمين، وتلك العناصر الإرهابية الآنف بيانها، بتنفيذ تفجيرات واعتداءات ضد القوات المسلحة والشرطة بسيناء، بهدف إرهاب الشعب المصرى، وإثارة الفوضى والنيل من استقلال البلاد وسلامة أراضيها ووحدة المواطنين، وإشعال الفتن الطائفية بينهم في سبيل إشعال الحرب الأهلية بمصر، قاصدين من وراء ذلك عودة الرئيس المعزول، وإعادة قبضة جماعة الإخوان على البلاد.