على إثر فشل نابليون في تحقيق انتصار في حصار عكا وفقدانه لأسطوله في البحر ومن ثم فشله في إخضاع الشرق حتي الهند، فقررالعودة لفرنسا لينقذ ما تبقي له من مجد في أوروبا، بعد أن فشل في مصر والشام وعاد سرًا إلى فرنسا في 12 أغسطس 1799 تاركًا وراءه كليبر ليقود الحملة في مصر.
وترك بونابرت مصر والأخطار تهدد الحملة الفرنسية من كل جانب فالجيش في تناقص عددي بسبب المعارك والحروب الداخلية والخارجية، والدولة العثمانية أرسلت حملة أخرى إلى العريش ودمياط، والمماليك عادوا للمقاومة مرة أخرى.
وتجددت ثورة المصريين في الشرقية وامتدت إلى وسط الدلتا وغربها وأدرك كليبر أن التغلب على هذه الأمور من الصعوبة بمكان ورأي أن من المصلحة مغادرة الحملة لمصر،و قررعرض أمر الصلح على الصدر الأعظم للدولة العثمانية وقائد الأسطول الإنجليزي في البحر المتوسط اتفق على ذلك فعلًا فيما عرف بمعاهدة العريش بين فرنسا والدولة العثمانية والتي أبرمها «زي النهاردة» في 24 يناير 1800.
ولما علمت حكومة انجلترا بمضمون الاتفاق اعترضت وطلبت استسلام الجيش الفرنسي، فرفض كليبر وقرر إلغاء المعاهدة، وأرسل إلى الصدرالأعظم ليسحب جيشه الذي أرسله إلى مصر لاسترجاعها وفقًا للمعاهدة ولكن يوسف باشا قائد الجيش العثماني رفض الانسحاب إلى الشام وعسكر في المطرية فخرج كليبر على رأس عشرة آلاف جندي فرنسي وتقابل مع الجيش العثماني عند عين شمس وهزمه هزيمة منكرة.
وانسحبت القوات العثمانية إلى الشام مرة أخرى، وانتهز المصريون في القاهرة فرصة وجود الجيش العثماني في العريش مما أعطاهم الأمل في إمكانية الخلاص من الفرنسيين، فقاموا بالثورة في مارس 1800 وهاجموا معسكرات الجيش الفرنسي لكن سرعان ما أخمدت القوات الفرنسية الثورة في القاهرة وبعض بلدان الوجه البحري.
أما الوجه القبلي فقد أخضعه الفرنسيون بالاتفاق مع مراد بك لكي يحكم الصعيد تحت حكم فرنسي، فقبل مراد بك حتي لا يعود الأتراك مرة أخرى لحكم مصرإلي أن قتل كليبر في 14 يونية 1800علي يد سليمان الحلبي أحد طلاب الأزهرو تولي مينو قيادة الحملة.
