جاء اللواء محمود وجدى في وقت عصيب بالنسبة لمبارك. ففى 31 يناير 2011 قام مبارك بإقالة وزارة أحمد نظيف وتعيين وزارة جديدة برئاسة أحمد شفيق كان فيها محمود وجدى وزيرا للداخلية لمدة لا تزيد على شهر ونصف الشهر. كان محمود وجدى أحد الشهود في قضية قتل المتظاهرين، وأقر في شهادته الأولى التي بدلها لاحقُا بوجود قناصة نشرتهم وزارة الداخلية فوق عمائر وسط البلد لاصطياد المتظاهرين. وتلاحقه اتهامات تطالب بضمه لمتهمى موقعة الجمل لعدم حمايته المتظاهرين وهو في موضع المسؤولية.
