تعود جذور أزمة مالى الرئيسية، المتمثلة بمشكلة الطوارق، إلى شهر يناير ١٩٦٣، حين انطلقت حركة تمرد الطوارق من شمال أدرار إلى كيدال مبتدئة كفاحها المسلح. ومنذ ذلك التاريخ تعيش مالى الحديثة على إيقاع أعمال العنف التى تجددت بشكل مفاجئ عبر الهجمات الصاعقة، التى شنتها «الحركة الوطنية لتحرير أزواد» بالتوافق مع حركات مسلحة محسوبة على تنظيم القاعدة فى يناير ٢٠١٢، وهى مناكا الموجودة على الحدود النيجرية، وعبرت على الحدود الجزائرية، وهى كلها مدن تقع فى النطاق الجغرافى لمحافظتى كيدال وغاو، وباتت منطقة شمال مالى إحدى المناطق الرئيسية لتغلغل القاعدة فى أفريقيا، تحت مسمى تنظيم القاعدة فى المغرب العربى، خاصة فى تشاد والنيجر ومالى.
تبعا لأعمال العنف المنتشرة فى الشمال، قام الجيش المالى فى ٢٢ مارس ٢٠١٢ بانقلاب عسكرى على الرئيس تورى بواسطة النقيب أمادو سانوجو، حيث أعلن الانقلابيون أن استيلاءهم على السلطة جاء ردا على الرئيس تورى للبلاد وللتمرد المتصاعد فى الشمال وامتناعه عن تسليح الجيش المالى، إلا أن هذا الانقلاب العسكرى قوبل بالرفض من المجتمع الدولى حيث قام الاتحاد الأفريقى بتعليق عضوية مالى وتجميد أرصدتها بالخارج حتى ينسحب العسكر من السلطة ويعود الحكم المدنى.
وقامت الحركة الوطنية لتحرير أزواد بإعلان استقلال دولة أزواد فى شمال مالى بتاريخ ٦ إبريل ٢٠١٢. هذا الإعلان الذى رد السلطة المالية، إلى الشمال الذى تعامل لم يعترف به المجتمع الدولى بل نبذه فجاء قرار مجلس الأمن رقم ٢٠٧١ الذى حدد طبيعة التدخل الدولى من قبل فرنسا.
وقد دخلت الحرب فى مالى مرحلة حرب العصابات بعد أن أثبت المسلحون أنهم قادرون على تنفيذ عمليات ضد القوات الفرنسية والأفريقية، ما ينبئ بدخول البلاد مرحلة حرب استنزاف طويلة الأمد، وهو ما لم تخطط له باريس منذ البداية. كما أن هناك مخاوف إقليمية من تسلل المسلحين إلى المناطق التى تسيطر عليها جماعة بوكوحرام النيجيرية، لشن مزيد من الهجمات فى شمال نيجيريا.