منذ تولي البابا تواضروس، رئاسة الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، وتخذ منهجًا لفصل الكنيسة عن السياسة، وامتنع عن الحديث في السياسة في عظته الأسبوعية، رغم اشتعال الموقف سياسياً وتوجيه اتهامات له وللأقباط بمحاولات قلب نظام الحكم وتنظيم المظاهرات ضد الرئيس مرسي وغيرها من الاتهامات التي خرجت من مسؤولين بالأحزاب والحركات الإسلامية.
كان أول قرار اتخذه البابا ولاقى استحساناً من الأقباط والقوى الليبرالية في المجتمع هو الانسحاب من الجمعية التأسيسية للدستور، وهو الأمر الذى قوبل باستهجان من مؤسسة الرئاسة وحاولت عبر مندوبها «السفير رفاعة الطهطاوي» إقناع الكنيسة بالعودة إليها، إلا أن هذه المساعي باءت بالفشل.
ولم تكد أن تنتهي أزمة خروج الكنيسة من التأسيسية حتى وجهت اتهامات للأقباط والبابا بمحاولات الخروج عن الشرعية وتنظيم المظاهرات ضد الرئيس نحمد مرسى، وصولاً لاتهام الكنيسة بأنها تقود جماعة «بلاك بلوك» وهو الأمر الذى جعل البابا يعلن خلال إحدى عظاته أن الكنيسة ترفض كل مظاهر العنف وأنها تدشن مع الأزهر الشريف «وثيقة لنبذ العنف».
الأمر لم ينته عن هذا الحد فكان انسحاب الكنيسة من الحوار الوطني وإعلانها أنها لن تشارك به لأنها مؤسسة روحية ولا تتدخل في السياسة و في إطار المنهج الذي اتخذه البابا تواضروس في الفصل بين العمل الرعوى الكنسي والسياسي، رغم أنه دائما يؤكد على دور الكنيسة الوطنى الذى لا يمكن التخلى عنه. وبالرغم من محاولاته الفصل بين السياسة والعمل الرعوى فإنه ولأول مره تشهد الكاتدرائية تنظيم مظاهرة لرفض تصريحات البابا السياسية، والتى أدلى بها للصحف، مطالبينه بالاستمرار على منهجه فى الفصل وعدم الحديث باسم الأقباط إلا أن البابا قام باحتواء المتظاهرين، قائلاً لهم «لم أقل هذا».
وأما عن الدور الرعوى فقد قام البابا بتشكيل عدة لجان لتعديل لائحة 1957 ولائحة 1938 للأحوال الشخصية وبالإضافة إلى تشكيل لجنة لحصر ممتلكات الكنيسة فى كل الإبراشيات، إضافة إلى أنه أعاد ترتيب السكرتارية الخاصة به فعين مساعداً لشؤون الكنائس فى الخارج ومساعداً لشؤون الكنائس والكهنة داخل مصر، واهتم اهتماماً خاصاً بترتيب الشؤون الإدارية داخل الكنيسة. كما أنه ومنذ اعتلائه كرسى مار مرقس قام بفتح أبوابه إلى التيار العلماني بعد قطيعة استمرت سنوات بينهم وبين البابا شنودة واستمع لمقترحاتهم فى تنظيم العمل الإداري داخل الكنيسة.
وقام برسامة 11 أسقفاً داخل مصر وببلاد المهجر وعدد من الكهنة وتقسيم إبراشية الجيزة والشرقية نظراً لاتساعها وسيامة أساقفة عليها. وكان الدور الأكبر والخطوة الأبرز للبابا تواضروس هو تشكيل مجلس الكنائس المصرى بمشاركة كل الكنائس المصرية وفتحه صفحة جديدة مع الطوائف المسيحية في مصر فقام بتهنئة الطوائف بنفسه في عيد الميلاد الماضي، وحضوره حفل تنصيب بطريرك الكاثوليك.