يعاني مسجد ومدرسة الأمير «صرغتمش» من الإهمال الشديد، حيث تتجمع تحته مياه الصرف الصحي من المساكن التي تشغل المنطقة المجاورة للمسجد، ويحتاج المسجد إلى مزيد من العناية والاهتمام، فالرخام الذي يزين حوائطه أوشك بعضه أن يسقط على الأرض، كما أن هناك تشققات في الرخام، رغم حداثة الإصلاحات التي تمت في المسجد، وقال خادم المسجد إنه يوجد فراغ وراء قطع الرخام، بما يعني أنها عرضة للسقوط في أي وقت.
ويقع المسجد في منطقة منخفضة من «جبل يشكر»، وعلى الرغم من قيام هيئة الآثار بعمل نظام حديث للتخلص من مياه الصرف الصحي، والتي كانت تهدد أيضًا جامع أحمد بن طولون، فإن المياه عادت وتجمعت بعد مرور سنة واحدة على الانتهاء من الترميمات والإصلاحات في منطقة جامع بن طولون.
وما يزيد الأمر خطورة أن الجامع كان يضم حوانيت قديمة في طابقه الأول، وبالطبع تمتلئ الآن بتلك المياه، وأبوابها سبعة ترتفع فيها مياه الصرف لمسافة نصف متر على الأقل، لدرجة أن شجرة نخل قد نبتت في الجدار الخارجي للمسجد، مما يشير إلى أن أحدًا لم يعالج تلك المياه منذ زمن، ويلاصق جامع الأمير صرغتمش جامع بن طولون، فيما تتجمع تلك المياه بالتحديد أسفل مئذنة جامع بن طولون والتي تعد أجمل وأعجب مئذنة في القاهرة.
مسجد ومدرسة الأمير «صرغتمش» هو بناء أثري مملوكي بناه الأمير «صرغتمش الناصري» في القطائع بجوار مسجد أحمد بن طولون مباشرة، وموقعه حالياً في شارع الصليبة بحي السيدة زينب بالقاهرة، شيده الأمير سيف الدين صرغتمش الناصري في ربيع الآخر سنة 757 هجريا وخصصه لتدريس الحديث والفقه الحنفي، وكان معقلاً مزدهراً للفقهاء الحنفية في القرنين الثامن والتاسع.