يدير اتحاد نقابات المهن الطبية، مجلس يشكل من نقيب وسكرتير عام وأمين صندوق كل من النقابات الأربع التى يتكون منها الاتحاد والمنصوص عليها فى المادة ( ١) من هذا القانون .
ووفقًا للمادة 3 من قانون رقم 13 لسنة 1983 بشأن اتحاد نقابات المهن الطبية، تكون رئاسة المجلس لنقيب الأطباء ، ويكون النقباء الثلاثة الآخرون نوابا لرئيس المجلس ، وينتخب المجلس سنويا من بين أعضائه، سكرتيرا عاما، وسكرتيرا عاما مساعدا، وأمينا للصندوق، وأمينا مساعدا.