استمرت حالة الحزن فى السيطرة على مختلف الكنائس، أثناء وداع البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية، بطريرك الكرازة المرقسية، وازدحمت بالورود والشموع، وأكدت فتح أبوابها لتلقى العزاء، فيما أعلنت الأديرة والإبراشيات الحداد، ودقت الكنائس الأجراس حزنا على فراقه.
ففى المنيا، سيطر الحزن على الكنائس، خلال قداس الوداع، وانهار المصلون بالبكاء، وخلت المصالح الحكومية من الأقباط الذين حرصوا على متابعة القداس وتشييع الجنازة عبر القنوات الفضائية. وتواصل دق أجراس الكنائس بشكل مكثف بمجرد انتهاء صلوات الجنازة على البابا، تعبيراً عن حالة الحزن المسيطرة على الأقباط. وتوجهت أعداد محدودة من كهنة كل إبراشية من إبراشيات المنيا السبع، للمشاركة فى وداع البابا.
وحرصت الكنائس على تبكير موعد القداس اليومى، حتى يتمكن المصلون من متابعة صلوات الجنازة على البابا، عبر الدوائر التليفزيونية الداخلية بقاعات الكنائس. واستبدلت الكنائس ستور الهياكل بالستور السوداء، وألغيت جميع الاجتماعات والمؤتمرات الروحية. وأعلنت مكتبات الكنائس نفاد صور البابا، بعد الإبال الشديد من قبل الأقباط، مؤكدة أنه تجرى طباعة كميات مضاعفة من صوره بجميع الأحجام وكذلك الأسطوانات المدمجة(C.D)، التى تضم عظاته منذ توليه المنصب عام 1971 حتى رحيله.
وفى الإسماعيلية، زار المحافظ جمال إمبابى، واللواء أركان حرب محمد فريد حجازى، قائد الجيش الثانى الميدانى، واللواء محمد عيد، مدير الأمن، وقيادات الأزهر والأوقاف، وعدد من الشخصيات العامة والقيادات الشعبية، بالمحافظة، كنيسة الأنبا بيشوى، بحى الشيخ زايد، لتقديم واجب العزاء للأنبا ساروفيم، أسقف كنائس الإسماعيلية فى وفاة البابا. وخيم الحزن على جميع الطوائف المسيحية، خاصة الكنيسة الأرثوذكسية، بالدقهلية أثناء مراسم تشيع جنازة البابا شنودة الثالث، بطريرك الكرازة المرقيسية، وقامت كاتدرائية العذراء مريم والملاك ميخائيل لمطرانية المنصورة للأقباط الأرثوذكس، بوضع شاشة عرض داخل الكنيسة لمتابعة مراسم الجنازة، وسط بكاء وحزن من المسيحين، وسقطت العديد من النساء مغشياً عليهن من هول الموقف، وعبر العديد من الرجال عن حزنه تجاه موت البابا شنودة، لكنه قال إن البابا لم يمت ولكنه صعد إلى السماء عند الرب ليصلى ويدعو لجميع المسيحين والمصرين.
وأغلقت جميع محال الصاغة أبوابها بشارع الثورة بالمنصورة مسيحيين ومسلمين، تعبيراً عن حزنهم لفراق البابا.
وفى الإسكندرية، سافر عدد من كهنة وقساوسة وأعضاء المجلس القبطى الملّى، التابع لكاتدرائية الأقباط الأرثوذكس، الاثنين ، للمشاركة فى استقبال المعزين ومراسم العزاء فى البابا، فى كاتدرائية الأقباط الأرثوذكس بالعباسية.
وقال الدكتور كميل صديق، سكرتير المجلس الملى، إن حضور مراسم دفن جثمان البابا اقتصر على أعضاء المجمع المقدس والرهبان وعدد من أعضاء المجلس الملّى العام والفرعى فقط.
وفى بورسعيد، نظم المئات من المسيحيين وقفة حداد وشكر بالشموع، بميدان الشهداء، الاثنين ، واصطف المشاركون بطول واجهة شارع 23 يوليو، متشحين بالملابس السوداء، وحاملين الشموع والورود، حدادا على وفاة البابا، ورفعوا لافتات الشكر للمسلمين، على ما أبدوه من مشاعر للتضامن والحزن على البابا، واستمرت الوقفة نحو الساعة وسط تعازى وتحيات المارة.
وفى كفر الشيخ، استمر دق أجراس الكنائس فى الرنين، حزنا على رحيل البابا، وانتقلت أفواج الأقباط من جميع أنحاء المحافظة إلى القاهرة، فجر الاثنين ، لإلقاء نظرة الوداع على جثمان البابا، وفتحت كنائس «مارى جرجس بكفرالشيخ ودسوق وسيدى سالم والعذراء» أبوابها لاستقبال المعزين.
وفى أسيوط، شهدت كنائس ومطرانيات أسيوط توافد المئات من سيدات ورجال وشباب الأقباط، لأداء صلاة القداس على روح البابا، فى الوقت الذى فرضت فيه أجهزة الأمن كردونات أمنية، وأغلقت الشوارع الرئيسية أمام مطرانيات شارع النميس ورئيس الملائكة والإنجيلية الأولى والثانية ونائلة خاتون، بمدينة أسيوط، ومطرانية الأقباط بأبوتيج وديروط ومنفلوط والقوصية وأبنوب وساحل سليم. وأقامت المطرانيات شاشات عرض تليفزيونية داخل سرادقات العزاء التى شيدت داخل الكنائس لعرض مراسم الجنازة واستقبال وفود العزاء من القيادات التنفيذية والأمنية والشعبية بالمحافظة.
وفى بنى سويف، استقبل نيافة الأنبا غبريال، أسقف بنى سويف، والقمص فرنسيس فريد، وكيل المطرانية وعدد كبير من كهنة الإبراشية فى قاعة السيدة العذراء بمدينة بنى سويف - الآلاف من المسلمين، لتلقى واجب العزاء.